Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001962`

染色体: Chr01 坐标: 34911672-34914031 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001962`
名称	SmilChr01G001962
描述	E3 ubiquitin-protein ligase PUB24-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	34911672 - 34914031 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022225`
GeneID	`131022225`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022225`
原始查询	`LOC131022225`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase PUB24-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase PUB24-like
Arabidopsis	`AT3G11840` (PUB24) E3 ubiquitin-protein ligase PUB24-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820357] identity=40.9; qcov=1.1; evalue=6.16e-106; confidence=medium
Rice	`Os04g0686000` (OsPUB32) - identity=39.5; qcov=0.978; evalue=1.87e-87; confidence=medium
GO	GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF04564 (U-box); PF25598 (ARM_PUB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022225

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807669.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057807669.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057807669.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807669.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807669.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:34913041`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B33
`Chr1:34913041`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B33
`Chr1:34913043`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B33
`Chr1:34913043`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B33
`Chr1:34913059`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807669.1

412 aa

206

412

U-box

ARM_PUB

PF04564 U-box 6-82 aa PF25598 ARM_PUB 102-406 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807669.1`	Pfam	`PF04564`	U-box	Domain	6	82	3.9e-17	62.9	U-box domain
`XP_057807669.1`	Pfam	`PF25598`	ARM_PUB	Repeat	102	406	7.7e-64	216.7	Plant U-box protein ARM repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951686.1
AAACCGCCCATAAATTAAACAGCCGCATTCTCTTACCACTTTTGTCATGGGACAAAAAGCCCTCTTTATTTCATCTCATCCTCTCCCACACGTTAATTTCATCACTTTTCCTTTCTTACATATAGAGTATTTCCCCAATCTTGTTTTCTGCTTGTAAAAAACATTCTGATTTCCATTAATTTCTTCCAAATAATATAGAATTAAAAATGGATGAAATCGATATACCTCAGTATTTCCTCTGCCCCATATCACTCCAGATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022225
ATGGATGAAATCGATATACCTCAGTATTTCCTCTGCCCCATATCACTCCAGATCATGAAAGACCCCGTCACCACCGTCACCGGCATCACCTACGACCGCGACAGCATCGAGCAGTGGCTTTCGACGGCTGAGGCCTCCTCCGCTGCCGCAGTGTGCCCAGTTACTAAGCTGCCGCTGTCCAAATCCGCCGGTTTGACTCCCAACCACATGCTCCGGCGGCTTATTCAGGCGTGGTGCGTCGCCAATGTGAAGAGCGGGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807669.1
MDEIDIPQYFLCPISLQIMKDPVTTVTGITYDRDSIEQWLSTAEASSAAAVCPVTKLPLSKSAGLTPNHMLRRLIQAWCVANVKSGIDRIPTPKSPLHRSAVIKLIRGAGSRRSRAENLEALRKLEELAGDDGGKNQQCMAEAGTGKSMISYVMRCFDDGDFAGVDRALRILRLTWSPTAENKQIVEEKNPQFLQSILWILNGRLENSAKADALVVLKNAIEVASSVFLEKLKPSFFKEMVRILRTQTAARAVLKILIRT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器