Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000314`

染色体: Chr04 坐标: 2888900-2890316 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000314`
名称	SmilChr04G000314
描述	DNA damage-repair/toleration protein DRT100-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	2888900 - 2890316 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022240`
GeneID	`131022240`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022240`
原始查询	`LOC131022240`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA damage-repair/toleration protein DRT100-like
产物	DNA damage-repair/toleration protein DRT100-like
Arabidopsis	`AT3G12610` (DRT100) Leucine-rich repeat (LRR) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820441] identity=48.4; qcov=0.926; evalue=1.23e-97; confidence=high
Rice	`Os08g0505900` (PGIP6) - identity=49.7; qcov=0.926; evalue=3.13e-99; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022240

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057807689.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057807689.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807689.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807689.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807689.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:2889113`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B59
`Chr4:2889113`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B59
`Chr4:2889211`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C42
`Chr4:2889358`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B135
`Chr4:2889358`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B135
`Chr4:2889485`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B137,B69
`Chr4:2889531`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,D7
`Chr4:2889582`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B19,B61,B81,C30,C76
`Chr4:2889594`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	B10,B111,B86,C14,C34,C61,C79
`Chr4:2889654`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B47,C7
`Chr4:2889675`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B57,C38
`Chr4:2889726`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807689.1

337 aa

168

337

LRRNT_2

LRR_8

LRR_1

LRR_6

LRR_1

LRR_8

LRR_1

PF08263 LRRNT_2 28-61 aa PF13855 LRR_8 131-191 aa PF00560 LRR_1 132-154 aa PF13516 LRR_6 133-146 aa PF00560 LRR_1 157-178 aa PF00560 LRR_1 180-202 aa PF13855 LRR_8 209-263 aa PF00560 LRR_1 232-250 aa PF00560 LRR_1 253-272 aa PF00560 LRR_1 277-296 aa PF00560 LRR_1 303-320 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807689.1`	Pfam	`PF08263`	LRRNT_2	Family	28	61	0.00019	22.3	Leucine rich repeat N-terminal domain
`XP_057807689.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	131	191	1.3e-24	86.4	Leucine rich repeat
`XP_057807689.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	132	154	1.4e-33	108.3	Leucine Rich Repeat
`XP_057807689.1`	Pfam	`PF13516`	LRR_6	Repeat	133	146	4.3e-06	27.1	Leucine Rich repeat
`XP_057807689.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	157	178	1.4e-33	108.3	Leucine Rich Repeat
`XP_057807689.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	180	202	1.4e-33	108.3	Leucine Rich Repeat
`XP_057807689.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	209	263	1.3e-24	86.4	Leucine rich repeat
`XP_057807689.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	232	250	1.4e-33	108.3	Leucine Rich Repeat
`XP_057807689.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	253	272	1.4e-33	108.3	Leucine Rich Repeat
`XP_057807689.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	277	296	1.4e-33	108.3	Leucine Rich Repeat
`XP_057807689.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	303	320	1.4e-33	108.3	Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951706.1
CACGAAAACGAAAAACAGAGCATGCATGATTCCAAATTTAATGGATTCCGGCTTATTAATAAATTCGGAGCTACAGCACATGCCTTTGTTCTTCCCCACACCGTCCATGGCGCTGCTCTAATTTTCTTTATAGGTAGCAGCTTTTAATGCAGTTTCCTCACCCTCTCATCATCACTCTCTATCCTCCCCAATATATAAACACTTCACTCCTACTGCAGCTATCTATACACATTGATTTATATTGTGTTAATTACAATGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022240
ATGAGATTGATGAGCAGATTGTTGACGGTTTGCAGCATTACGCTGCTGATTACCTCAATACACGCAAATGGAAGCCAATCTACTGACCTCGCGGCGGTGTCGGCCATCAGAGATGCGATGAGCGGTTCGATCGCCACCGCATGGACCGGTACCGACTGCTGCACGTGGCCGGGGATCGTCTGCCACCCGGAGACGCTCCGAGTCACCGACATCGTCCTCCGCGCCGGCGACTCGCCGAGTTCCGATCTACAGAGCGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807689.1
MRLMSRLLTVCSITLLITSIHANGSQSTDLAAVSAIRDAMSGSIATAWTGTDCCTWPGIVCHPETLRVTDIVLRAGDSPSSDLQSEKLDLTVDWTGLISDSLCQLDQLNTLIVTDWNRISGGIPPCITSLSRLRILDLSGNRISGEIPADIGKLTQLVVLNLADNEITGSIPPSVAGLSNVKLLDLSNNKLSGEIPSEMGKMSMLSRAILSGNQLGGSVPESFAGLSRMADLDLSMNQICGSIPDWMGSMRVLSVLNLNS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器