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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000308`

染色体: Chr04 坐标: 2852643-2853942 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000308`
名称	SmilChr04G000308
描述	polygalacturonase inhibitor 1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	2852643 - 2853942 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022242`
GeneID	`131022242`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022242`
原始查询	`LOC131022242`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polygalacturonase inhibitor 1-like
产物	polygalacturonase inhibitor 1-like
Arabidopsis	`AT5G06860` (PGIP1) polygalacturonase inhibiting protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830577] identity=53.5; qcov=0.966; evalue=1.09e-106; confidence=high
Rice	`Os05g0104600` (PGIP3) - identity=47.7; qcov=0.982; evalue=1.76e-86; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022242

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057807691.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057807691.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807691.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807691.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807691.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:2852954`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B136,B94,C56
`Chr4:2853039`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B25,C5,C83
`Chr4:2853102`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B137,D11
`Chr4:2853125`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C85
`Chr4:2853125`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C85
`Chr4:2853151`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,D11
`Chr4:2853255`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr4:2853322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C31,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807691.1

327 aa

164

327

LRRNT_2

LRR_1

PF08263 LRRNT_2 20-59 aa PF00560 LRR_1 137-159 aa PF00560 LRR_1 162-182 aa PF00560 LRR_1 188-206 aa PF00560 LRR_1 255-274 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807691.1`	Pfam	`PF08263`	LRRNT_2	Family	20	59	4.1e-13	50.1	Leucine rich repeat N-terminal domain
`XP_057807691.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	137	159	5.4e-22	73.8	Leucine Rich Repeat
`XP_057807691.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	162	182	5.4e-22	73.8	Leucine Rich Repeat
`XP_057807691.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	188	206	5.4e-22	73.8	Leucine Rich Repeat
`XP_057807691.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	255	274	5.4e-22	73.8	Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951708.1
TTCCATTTTCTGCATTCTGTAAAATTCAGGAAACCTCAATAATCAGCCACCATCTTTGACCAAATCTTCATAAGCACTCACATCTCTACAGATCCTAATTCCTAATACGTCTTGCCACACGCATTGGTTATGTATTCTTTTAGTAATAATATGTATATGTATTTGTCAACATATGAGAAAATATACCTAAACATGTCTATAAAAGGTAAGATCCAAAACCATATATGACCTACACACTCTCTTAATTATCTTTGCAACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022242
ATGCTGCTTCTGCTGCTCTTCCTCTCACTCCCTCCACTCTCAGCAGCACAACTCTGCCACCCCAACGACTTAGCCGCACTCTTAGCATTCAAAAACAGCTTCTCCAATCCAAACTCCTCCCTCCCTTCATGGGATCCTCAATTCCATTGCTGCAACTGGTACGGCGTCGAGTGCAACGACACCACCAACCGCGTCCTTGGCCTCGACATCGCCTCCGTTGATCTCCACGGCACAATCCCCCCTTCCCTCTCCAAACTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807691.1
MLLLLLFLSLPPLSAAQLCHPNDLAALLAFKNSFSNPNSSLPSWDPQFHCCNWYGVECNDTTNRVLGLDIASVDLHGTIPPSLSKLHHLQRLRLHKLPNLVGPIPPELGQLPLLGYLVISWTNISGPIPSFLTNLRSLSYLILSFNRLSGPIPPSLPSLPYLYAIDLSRNLLTGPIPESFGHFLLSTALDLSHNMLSGDIPASLGNVNFSRIKLSRNKLSGDASVLFGKDKVADTIDISRNSFEFDFSKVGFMESLDVLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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