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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000348`

染色体: Chr04 坐标: 3265695-3270477 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000348`
名称	SmilChr04G000348
描述	E3 ubiquitin-protein ligase BIG BROTHER
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	3265695 - 3270477 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022252`
GeneID	`131022252`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022252`
原始查询	`LOC131022252`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase BIG BROTHER
产物	E3 ubiquitin-protein ligase BIG BROTHER
Arabidopsis	`AT3G63530` (BB) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825528] identity=52.7; qcov=0.972; evalue=2.47e-87; confidence=high
Rice	`Os03g0173900` - identity=48.2; qcov=0.996; evalue=1.7e-75; confidence=high
GO	GO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0031624 (ubiquitin conjugating enzyme binding); GO:0046621 (negative regulation of organ growth)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022252

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057807707.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057807708.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057807707.1`
4	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057807707.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807707.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:3267309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:3267356`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,B65,B77
`Chr4:3267357`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,B65,B77
`Chr4:3267394`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807707.1

251 aa

126

251

zf-RING_2

PF13639 zf-RING_2 192-228 aa

XP_057807708.1

248 aa

124

248

zf-rbx1

zf-C3HC4_2

zf-RING_2

zf-C3HC4

PF12678 zf-rbx1 185-234 aa PF13923 zf-C3HC4_2 192-233 aa PF13639 zf-RING_2 192-234 aa PF00097 zf-C3HC4 193-233 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807707.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	192	228	4.3e-09	37.2	Ring finger domain
`XP_057807708.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	185	234	6.1e-10	39.9	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057807708.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	192	233	5.3e-07	30.1	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057807708.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	192	234	6.4e-13	49.4	Ring finger domain
`XP_057807708.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	193	233	5.5e-06	26.9	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951724.1
GTATTTTTCATCTGCTATCAAACTGCATTACACGTTTACACTTTTTTGAACGGATTGAACTCTTTGCTAACAGTAATCACAAATGCTGATAAGAATGGATGAAGAAGAGTCAAAAGAAGATGAATTCTTTGCTTGGATATTAGGTAATTGGGGGCCCCTTTAGATCTCATCGCCTCATGTTTTATGTAGCCTTTTATTTTATGTACAGTTAGCTGAGTGTTGCACAAGTTCCTTTAACACACAACCACATCTTTCTCTCT...

XM_057951725.1
GTATTTTTCATCTGCTATCAAACTGCATTACACGTTTACACTTTTTTGAACGGATTGAACTCTTTGCTAACAGTAATCACAAATGCTGATAAGAATGGATGAAGAAGAGTCAAAAGAAGATGAATTCTTTGCTTGGATATTAGGTAATTGGGGGCCCCTTTAGATCTCATCGCCTCATGTTTTATGTAGCCTTTTATTTTATGTACAGTTAGCTGAGTGTTGCACAAGTTCCTTTAACACACAACCACATCTTTCTCTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131022252
ATGAACGAGAATGAGCAAGTAGAGGTGCATTACATGGACAGCAACTACTCTTACCCTGTCTCTGAGGGTTATGTTGATTTCTTCAGTGGTGCTCCAACAGCCCCTTTGAATTATCTTAACTTCGCCCCGATGCATGATCAGGAATCTATATATTGGTCAATGCATATGAATTCCTATAAATATGGACAATCTGATCCAGAGGGTATTTATTATGGTCTCTATGAGGACAATGACCTTGCTCCAAGAATGGATTCCAACAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057807707.1
MNENEQVEVHYMDSNYSYPVSEGYVDFFSGAPTAPLNYLNFAPMHDQESIYWSMHMNSYKYGQSDPEGIYYGLYEDNDLAPRMDSNRRVWEYSSMATTEDPITVDIPPEQSAVSEVHSIPEERLPNDQDAASDEVTWQDDINPDTMTYEELLDLGEAVGTQSRGLSQELIDLLPTSKHKSGGIFSRKKSEERCVICQMRYKRGDRQINLPCKHAYHTHCGSKWLSINKIHLLSRHVQYATLWYLVMISTMI

XP_057807708.1
MNENEQVEVHYMDSNYSYPVSEGYVDFFSGAPTAPLNYLNFAPMHDQESIYWSMHMNSYKYGQSDPEGIYYGLYEDNDLAPRMDSNRRVWEYSSMATTEDPITVDIPPEQSAVSEVHSIPEERLPNDQDAASDEVTWQDDINPDTMTYEELLDLGEAVGTQSRGLSQELIDLLPTSKHKSGGIFSRKKSEERCVICQMRYKRGDRQINLPCKHAYHTHCGSKWLSINKTCPVCNTVVFGDDQHNDLTN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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