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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001967

染色体: Chr01 坐标: 35024892-35028614 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001967
名称SmilChr01G001967
描述uncharacterized SmilChr01G001967
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向35024892 - 35028614 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022263
GeneID131022263
locus_tag-
NCBI NameLOC131022263
原始查询LOC131022263

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF29561 (DUF8566)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022263

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057807720.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057807721.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807720.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807720.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057807720.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:35026872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B137,C25,C43,C53
Chr1:35026907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B105,C30,C8
Chr1:35026956 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B132,B47,B55
Chr1:35026956 AT A 1bp_deletion CDS_variant 3 B132,B47,B55
Chr1:35026999 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B132,B47,B55
Chr1:35026999 TA T 1bp_deletion CDS_variant 3 B132,B47,B55
Chr1:35027011 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B18,C8
Chr1:35027042 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A3,B72,C25
Chr1:35027042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B72,C25
Chr1:35027052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B18,C8
Chr1:35027071 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B132,B47
Chr1:35027071 G GA 1bp_insertion CDS_variant 2 B132,B47

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807720.1
384 aa
N
1
192
384
DUF8566
C
PF29561 DUF8566 82-251 aa
XP_057807721.1
372 aa
N
1
186
372
DUF8566
C
PF29561 DUF8566 82-251 aa
XP_057807724.1
317 aa
N
1
158
317
DUF8566
C
PF29561 DUF8566 15-184 aa
XP_057807731.1
305 aa
N
1
152
305
DUF8566
C
PF29561 DUF8566 15-184 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807720.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 82 251 7.2e-10 39.7 Domain of unknown function (DUF8566)
XP_057807721.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 82 251 7e-10 39.8 Domain of unknown function (DUF8566)
XP_057807724.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 15 184 7e-10 39.8 Domain of unknown function (DUF8566)
XP_057807731.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 15 184 6.6e-10 39.8 Domain of unknown function (DUF8566)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101209.1
ATGGTGTTGGGTCGAATTTTTGTGTGATTTTCATCTCTCTAATTAATTTTGTGTTCTATAAAAGCTTGTCTCGAATGTGAGATCCGCATTCAAACAACAAATAACGGGCTTTGGTTTTGGCTATGCTTGGCATCTTTTTCGAGAGTGATAAGAATGTGGATTTGAGACTGCGTGAGTCTAATGAAGTTCGGGCTTCTTTATTCCCATTCGCGTAACCGACATGTCGGCTTGAATCCACGCTCATTCCATGTGCTACCTTT...
XR_009101225.1
ATGGTGTTGGGTCGAATTTTTGTGTGATTTTCATCTCTCTAATTAATTTTGTGTTCTATAAAAGCTTGTCTCGAATGTGAGATCCGCATTCAAACAACAAATAACGGGCTTTGGTTTTGGCTATGCTTGGCATCTTTTTCGAGAGTGATAAGAATGTGGATTTGAGACTGCGTGAGTCTAATGAAGTTCGGGCTTCTTTATTCCCATTCGCGTAACCGACATGTCGGCTTGAATCCACGCTCATTCCATGTGCTACCTTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131022263
ATGAAATTGACAACAACAATCATCAGACATGATTCAACTATCTATGAATCTTTACTATTATTCCTATTTGATGATTATTACGCGATATTACTAAATTTTGTGCATATTCTACGGTATTTGGATACATGCGATATTACTAAATTTTGTATCTTTCTTGTAATTTCAGATTCGAATAAAGTCCAATGCAGAACTAATTTAAGCATGGTAGCGAAAATTTATGAAGCGGAAGGATATGTTAATCGCGAGGAGAAACGAGAAAT...
LOC131022263
ATGAAATTGACAACAACAATCATCAGACATGATTCAACTATCTATGAATCTTTACTATTATTCCTATTTGATGATTATTACGCGATATTACTAAATTTTGTGCATATTCTACGGTATTTGGATACATGCGATATTACTAAATTTTGTATCTTTCTTGTAATTTCAGATTCGAATAAAGTCCAATGCAGAACTAATTTAAGCATGGTAGCGAAAATTTATGAAGCGGAAGGATATGTTAATCGCGAGGAGAAACGAGAAAT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057807720.1
MKLTTTIIRHDSTIYESLLLFLFDDYYAILLNFVHILRYLDTCDITKFCIFLVISDSNKVQCRTNLSMVAKIYEAEGYVNREEKREICKNSVFFKLIETMPKKKNNIEYFEQLADLYDIDKQAFLVKGRHLKLCPEEISNLTGLSCKGKVFAEKRSASLPTYFVNLCSKYGKTSNEGPVSVRLIFELLKEMVIETGDDRVDFERLLNTMLTFFITVKTQEKVPRGCMVFCESLEAFKDINWPATICDNTICFLKERHEAK...
XP_057807721.1
MKLTTTIIRHDSTIYESLLLFLFDDYYAILLNFVHILRYLDTCDITKFCIFLVISDSNKVQCRTNLSMVAKIYEAEGYVNREEKREICKNSVFFKLIETMPKKKNNIEYFEQLADLYDIDKQAFLVKGRHLKLCPEEISNLTGLSCKGKVFAEKRSASLPTYFVNLCSKYGKTSNEGPVSVRLIFELLKEMVIETGDDRVDFERLLNTMLTFFITVKTQEKVPRGCMVFCESLEAFKDINWPATICDNTICFLKERHEAK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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