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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000461`

染色体: Chr04 坐标: 4906099-4914122 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000461`
名称	SmilChr04G000461
描述	ribosome biogenesis protein BOP1 homolog
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	4906099 - 4914122 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022344`
GeneID	`131022344`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022344`
原始查询	`LOC131022344`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ribosome biogenesis protein BOP1 homolog
产物	ribosome biogenesis protein BOP1 homolog
Arabidopsis	`AT2G40360` (AT2G40360) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818629] identity=63.9; qcov=0.947; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0435400` (OsWD40-143) - identity=64; qcov=0.893; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000463 (maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0005515 (protein binding); GO:0030687 (preribosome, large subunit precursor); GO:0042254 (ribosome biogenesis); GO:0043021 (ribonucleoprotein complex binding); GO:0070545 (PeBoW complex)
KEGG	-
Pfam	PF00400 (WD40); PF08145 (BOP1NT); PF12894 (ANAPC4_WD40)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022344

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807782.1`
2	Nucleolus	核仁	1.00000	`XP_057807782.1`
3	Nucleolar fibrillar center	Nucleolar fibrillar center	0.20000	`XP_057807782.1`
4	Nucleolus rim	Nucleolus rim	0.20000	`XP_057807782.1`
5	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057807782.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:4906290`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C62
`Chr4:4906304`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B114,B98,C26
`Chr4:4906304`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B114,B98,C26
`Chr4:4906319`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B87,C78,D9
`Chr4:4906480`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B43,B6,C30
`Chr4:4906481`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,B80,B81
`Chr4:4906505`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr4:4906547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B58,C74
`Chr4:4906554`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B114,B98,C26
`Chr4:4907057`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B14,B35,C46,C5,D2
`Chr4:4907208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr4:4907210`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807782.1

735 aa

368

735

BOP1NT

WD40

ANAPC4_WD40

WD40

PF08145 BOP1NT 139-393 aa PF00400 WD40 395-431 aa PF12894 ANAPC4_WD40 402-454 aa PF00400 WD40 642-678 aa PF00400 WD40 694-733 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807782.1`	Pfam	`PF08145`	BOP1NT	Domain	139	393	5.3e-101	338.6	BOP1NT (NUC169) domain
`XP_057807782.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	395	431	3.2e-29	100.8	WD domain, G-beta repeat
`XP_057807782.1`	Pfam	`PF12894`	ANAPC4_WD40	Repeat	402	454	6.4e-08	33.4	Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
`XP_057807782.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	642	678	3.2e-29	100.8	WD domain, G-beta repeat
`XP_057807782.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	694	733	3.2e-29	100.8	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951799.1
GCATATCTATAAGCGCCGCTTCTTGGCTTCTTCTTCATTTTCTTCTCTGCTCACACGCTTCATTTTTTTGAAATTGCATTTTGCTATCTAGAGTTTACAAAAGATAGTTTGCCGTTTTCCTCTCTTCAGCCGGTCCCTTTTTCACCGGTCGACGTCGTTTGTCTCTTCCGGCTGCCATCGCCCGCCTCGCTTCACCTCAAAATCAGGTGCAACCCATTATTTTTCGTCGTCTCACTTCCTCCGATCTCGGCCTATTCGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022344
ATGGCGGACAAGGCGGTCACAATCAGAACAAGAAAGTTCATGACAAATCGCAAGCAATTCATCATCGACGTGTTGCATCCAGGAAGACCTAATGTTTCCAAGAGTTTGACTGGGGATGAAGGCTCAAGTGATGAATCTGGACCTGAGGAAAGCGAATTATCTTTATCTGAGGATGATGAGGATGCTGTTCAATCCAGTGATGATGATGATAATTCAGTTAGTGCTTGCCATGATAAAGACTCTGTTGAAGATAACAACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807782.1
MADKAVTIRTRKFMTNRKQFIIDVLHPGRPNVSKSLTGDEGSSDESGPEESELSLSEDDEDAVQSSDDDDNSVSACHDKDSVEDNNHSSVSKGDEHDKFGVEDSGGRSDDSREIVEESDSSEDEVAPRNTIGNVPLKWYKDEEHIGYDLSGKKIKKKEKTSKLDSFLARTDDAKSWRKIIDEYNDEEVELTKEEINLIRRMMESKAPHADFDPYPSYIDWFTWDGAKHPLSNAPEPKRRFILSKWDAKKVVKYVRAIRNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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