Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000467`

染色体: Chr04 坐标: 5000617-5003096 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000467`
名称	SmilChr04G000467
描述	protein PNS1
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	5000617 - 5003096 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022348`
GeneID	`131022348`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022348`
原始查询	`LOC131022348`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PNS1
产物	protein PNS1
Arabidopsis	`AT5G13760` (AT5G13760) Plasma-membrane choline transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831221] identity=59.5; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0656100` - identity=59.2; qcov=0.848; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF04515 (Choline_transpo)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022348

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057807786.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	1.00000	`XP_057807786.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057807786.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807786.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807786.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:5000975`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,C20
`Chr4:5001212`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	47	A22,A24,B100,B106,B118,B130,B131,B135,B136,B138,B23,B25,B3,B42,B43,B60,B71,B73,B80,B82,B83,B85,B87,B94,B97,B98,C10,C16,C17,C23,C24,C26,C33,C34,C38,C42,C47,C51,C52,C58,C59,C62,C74,C76,C79,C84,D11
`Chr4:5001429`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C56
`Chr4:5001678`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B77
`Chr4:5001678`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B77
`Chr4:5001683`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B77
`Chr4:5001683`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B77
`Chr4:5001846`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B48
`Chr4:5001846`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B48
`Chr4:5001849`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr4:5001905`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B98,C26
`Chr4:5002214`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B49,B75,B79,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807786.1

560 aa

280

560

Choline_transpo

PF04515 Choline_transpo 243-525 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807786.1`	Pfam	`PF04515`	Choline_transpo	Family	243	525	3.9e-38	132.2	Plasma-membrane choline transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951803.1
GGATCACACCTCACCTCAGCAGAAACGGTCGGGACCAACTCGTCAAAAACACCTTCATCTCTTTGTTCTTCGTTCTCGCCACGTGCTCACTACTGCGCGTGGACGGTAAACCTACAACTACGTCACAAAAGCCTATTGTAAAAATGGAATCAATGGTGAGGAGATAGGAGCAGCCAGTTGCATCACCATCGCATAACAAGAAAATCTAACGCTCCTCACCACCGCCACGCGCCGCCATGGGCGCCGCAGAACCCGTAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022348
ATGGGCGCCGCAGAACCCGTAGTGTTGCAGGGAGGGAACGAGAAATTGGAGAGAGAGAATGTGGAGTTGAAGGATTTGGAAATGGGGGAGGCCAATGTTGAAAGGGAATCGGTGCAGACACATCCCCCAAATGCGTTTCACATGTCGAGAATGCAGAGATTGAGCGCCACAAACCCTCTCAGACTCGTCATGGATAATGCGACGCGAGTCGCCTCTCCCTCTCCAGCTCGCCCCCCGCCGCGCCCCTCCCCGGCTCAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807786.1
MGAAEPVVLQGGNEKLERENVELKDLEMGEANVERESVQTHPPNAFHMSRMQRLSATNPLRLVMDNATRVASPSPARPPPRPSPAQPPPPPRGSSSPPPPPPPMEQPPSPQTRSIPTPQQSVVTLNSRKYTNKISLLVFTVHMAAAVGLVGFLIFRGVKGLLEEGSARRREKRVLKYFLPQVEAASLLSITLAFVWQKAVRVWPHIMVHIIIWGSFALTLATGILLICFQTPATDGVGALYIAFAVGNGLYACWVTQRTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器