当前解析结果
SmilChr04G000507| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000507 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000507 |
| 描述 | annexin D4 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 5554128 - 5557577 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022387 |
|---|---|
| GeneID | 131022387 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022387 |
| 原始查询 | LOC131022387 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | annexin D4 |
| 产物 | annexin D4 |
| Arabidopsis | AT2G38750 (ANNAT4)annexin 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818457] identity=52.9; qcov=1.02; evalue=1.29e-112; confidence=high |
| Rice | Os05g0382600 (OsANN3)- identity=46.8; qcov=1; evalue=6.75e-96; confidence=high |
| GO | GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005544 (calcium-dependent phospholipid binding); GO:0005737 (cytoplasm) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00191 (Annexin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022387 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057807819.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057807819.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807819.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807819.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807819.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:5554324 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:5556648 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B54 |
Chr4:5556716 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B95 |
Chr4:5556761 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B102,B30,C58,C78,D4 |
Chr4:5557230 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B105 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807819.1PF00191
Annexin 90-147 aa
PF00191
Annexin 263-311 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807819.1 |
Pfam | PF00191 |
Annexin | Domain | 90 | 147 | 4.6e-30 | 104.2 | Annexin |
XP_057807819.1 |
Pfam | PF00191 |
Annexin | Domain | 263 | 311 | 4.6e-30 | 104.2 | Annexin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。