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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000520`

染色体: Chr04 坐标: 5734217-5736412 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000520`
名称	SmilChr04G000520
描述	DNA-directed RNA polymerase V subunit 5C-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	5734217 - 5736412 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022400`
GeneID	`131022400`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022400`
原始查询	`LOC131022400`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA-directed RNA polymerase V subunit 5C-like
产物	DNA-directed RNA polymerase V subunit 5C-like
Arabidopsis	`AT3G54490` (RPB5E) RNA polymerase II fifth largest subunit, E [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824614] identity=47.7; qcov=0.991; evalue=2.9e-62; confidence=high
Rice	`Os12g0139500` - identity=47.6; qcov=0.981; evalue=6.8e-63; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003899 (DNA-directed RNA polymerase activity); GO:0006351 (DNA-templated transcription)
KEGG	smil03020 (RNA polymerase - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01191 (RNA_pol_Rpb5_C); PF03871 (RNA_pol_Rpb5_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022400

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807838.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057807838.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807838.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807838.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057807838.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:5734313`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B79
`Chr4:5734313`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B79
`Chr4:5734316`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B79
`Chr4:5734316`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B79
`Chr4:5734332`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr4:5734360`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,C10
`Chr4:5734918`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr4:5735193`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr4:5735214`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C58
`Chr4:5735214`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C58
`Chr4:5735288`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B90,C87
`Chr4:5735995`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807838.1

216 aa

108

216

RNA_pol_Rpb5_N

RNA_pol_Rpb5_C

PF03871 RNA_pol_Rpb5_N 16-86 aa PF01191 RNA_pol_Rpb5_C 143-215 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807838.1`	Pfam	`PF03871`	RNA_pol_Rpb5_N	Domain	16	86	3.9e-18	66.6	RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain
`XP_057807838.1`	Pfam	`PF01191`	RNA_pol_Rpb5_C	Domain	143	215	7.7e-25	87.2	RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951855.1
GCTTAATCTGTTAGCATTTGCTTACCGCCAAAAAAAAAAACTCACGCAACAAATTTTTATACGGAAAGCTGAAACGACATATTCCGCAGCCCCGACGTTGATCTACCGTATCTCTCTCTACTGTACCTTCTCTTTTATTACTTCCTTCTTCTGCGCACACACACACATAGAGTGAGAAAGAAAGAGAGAGAAATCGAGCAAAATGCAGAAAGTGTGCATAAAAAGTTTGGTGGAGAACGGCAGCCTAGAGAGCCGCCGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022400
ATGCAGAAAGTGTGCATAAAAAGTTTGGTGGAGAACGGCAGCCTAGAGAGCCGCCGCTACTACCTGGCGCGGCGGACTATCATGGAAATGCTGAGCGACAGAGGCTACCAAGTGCCCGACATGGACGCGCAACTCCGCCGCTCCCTCGCCGACTTCCGCGCCGAGTTCGGCGACCATCCGGAGGCCGACCGCCTGCGCATCACCGCTCACCGTGCCTCTCATCCTTCCAGAAAGATTCTGGCCATATTCTGTGAAGGTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807838.1
MQKVCIKSLVENGSLESRRYYLARRTIMEMLSDRGYQVPDMDAQLRRSLADFRAEFGDHPEADRLRITAHRASHPSRKILAIFCEGFQTRKQHAVGILSQIVNKEMLDKVILIVQTKMNSHAQKVLDEYPVKVETFLITDLLVNISKHFLEPKYEILSVEEKDKLLKVYEIEDKQLPMMLESDAIARYYGLEKGQVVKVSYADGIPHSLVSYRCVV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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