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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000523

染色体: Chr04 坐标: 5753682-5764897 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000523
名称SmilChr04G000523
描述E3 ubiquitin-protein ligase DIS1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向5753682 - 5764897 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022405
GeneID131022405
locus_tag-
NCBI NameLOC131022405
原始查询LOC131022405

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 ubiquitin-protein ligase DIS1-like
产物E3 ubiquitin-protein ligase DIS1-like
ArabidopsisAT3G61790 (AT3G61790)
Protein with RING/U-box and TRAF-like domain [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825352]
identity=81.1; qcov=0.841; evalue=9.03e-165; confidence=high
RiceOs07g0659800 (P0496C02.112)
-
identity=84.5; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0007275 (multicellular organism development); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGGsmil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03145 (Sina_TRAF); PF21361 (Sina_ZnF); PF21362 (Sina_RING)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022405

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057807851.1
2 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057807851.1
3 Autophagic vesicle Autophagic vesicle 0.40000 XP_057807851.1
4 Autophagosome Autophagosome 0.40000 XP_057807851.1
5 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057807851.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:5764091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C28
Chr4:5764242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr4:5764279 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C58
Chr4:5764455 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr4:5764677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807851.1
308 aa
N
1
154
308
Sina_RING
Sina_ZnF
Sina_TRAF
C
PF21362 Sina_RING 60-95 aa PF21361 Sina_ZnF 109-184 aa PF03145 Sina_TRAF 204-301 aa
XP_057807852.1
308 aa
N
1
154
308
Sina_RING
Sina_ZnF
Sina_TRAF
C
PF21362 Sina_RING 60-95 aa PF21361 Sina_ZnF 109-184 aa PF03145 Sina_TRAF 204-301 aa
XP_057807853.1
308 aa
N
1
154
308
Sina_RING
Sina_ZnF
Sina_TRAF
C
PF21362 Sina_RING 60-95 aa PF21361 Sina_ZnF 109-184 aa PF03145 Sina_TRAF 204-301 aa
XP_057807854.1
308 aa
N
1
154
308
Sina_RING
Sina_ZnF
Sina_TRAF
C
PF21362 Sina_RING 60-95 aa PF21361 Sina_ZnF 109-184 aa PF03145 Sina_TRAF 204-301 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807851.1 Pfam PF21362 Sina_RING Domain 60 95 3.5e-13 50.2 E3 ubiquitin-protein ligase sina/sinah, RING finger
XP_057807851.1 Pfam PF21361 Sina_ZnF Domain 109 184 8.7e-29 100.5 Sina, zinc finger
XP_057807851.1 Pfam PF03145 Sina_TRAF Domain 204 301 9.1e-34 116.6 Sina, TRAF-like domain
XP_057807852.1 Pfam PF21362 Sina_RING Domain 60 95 3.5e-13 50.2 E3 ubiquitin-protein ligase sina/sinah, RING finger
XP_057807852.1 Pfam PF21361 Sina_ZnF Domain 109 184 8.7e-29 100.5 Sina, zinc finger
XP_057807852.1 Pfam PF03145 Sina_TRAF Domain 204 301 9.1e-34 116.6 Sina, TRAF-like domain
XP_057807853.1 Pfam PF21362 Sina_RING Domain 60 95 3.5e-13 50.2 E3 ubiquitin-protein ligase sina/sinah, RING finger
XP_057807853.1 Pfam PF21361 Sina_ZnF Domain 109 184 8.7e-29 100.5 Sina, zinc finger
XP_057807853.1 Pfam PF03145 Sina_TRAF Domain 204 301 9.1e-34 116.6 Sina, TRAF-like domain
XP_057807854.1 Pfam PF21362 Sina_RING Domain 60 95 3.5e-13 50.2 E3 ubiquitin-protein ligase sina/sinah, RING finger
XP_057807854.1 Pfam PF21361 Sina_ZnF Domain 109 184 8.7e-29 100.5 Sina, zinc finger
XP_057807854.1 Pfam PF03145 Sina_TRAF Domain 204 301 9.1e-34 116.6 Sina, TRAF-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951869.1
TGATTGAATCCAGCATTTTGTCTCTAGTCTCTATGCCTAAATTTGAATCGTAGTAATATTTATTGATTTGAATTATGCAGTATATTGTCCGTTTCCCATTTGTTCCAACTTAGATCCTTACATGCCATTGCCATTTGCCAGCCCAACACAACTCTTCTTCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCAAGGCTCGATACAATTCAAAATTTAATTTTCACATTTTTGTTGACTCTGCCCCGTTGTTGGCTCACCCAAAACGAAAGCG...
XM_057951871.1
AGAGGAAAATTAGGTCCACTTTTGAATGATTGAATCCAGCATTTTGTCTCTAGTCTTTATGCCTAAATTTGAATCGTAATTTCTTGGTATTTATTGATTTGAATTATGCAATATATTGTCCGTTTCCCATTTGTTCCAACTTAGATCCTTACATGCCATTTGCCAGCCCAACACAAAACACCAAACTCTTCTTCTTCTGCTGCTGGTTCTACTTCTTCTCTTCAAGGCTCAATACAATTCAAAATTTAATTTTCACATTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131022405
ATGCTGTCAATGGCAAGTGGACCTTCCTATTCTGTTGACTCGCGAAATAAACCTGAAGTCATTGATCCACCTCCAAAAGAAAATGTGTTGGACATTCGTGAGAATGTGAATGAGAATGTTCAAACCACACTAAAACCTAATCCAGCTGTTACAAGGGGTGTTCGTGAGCTGTTGAAATGTCCAGTTTGCTTGAATGCCATGTACCCTCCTATTAGTCAGTGTTCCAATGGGCACACGTTGTGTTCCGGGTGCAAACCTAG...
LOC131022405
ATGCTGTCAATGGCAAGTGGACCTTCCTATTCTGTTGACTCGCGAAATAAACCTGAAGTCATTGATCCACCTCCAAAAGAAAATGTGTTGGACATTCGTGAGAATGTGAATGAGAATGTTCAAACCACACTAAAACCTAATCCAGCTGTTACAAGGGGTGTTCGTGAGCTGTTGAAATGTCCAGTTTGCTTGAATGCCATGTACCCTCCTATTAGTCAGTGTTCCAATGGGCACACGTTGTGTTCCGGGTGCAAACCTAG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057807851.1
MLSMASGPSYSVDSRNKPEVIDPPPKENVLDIRENVNENVQTTLKPNPAVTRGVRELLKCPVCLNAMYPPISQCSNGHTLCSGCKPRMHNRCPTCRHELGNIRCLVLEKVAASLELPCKYQNFGCIGIYPYYSKLKHEYQCAFRPYSCPYAGSDCSAVGDIPFLVSHLKDDHKVDMHSGSTFNHRYVKSNPHEVENATWMLTVFSCFGQYFCLHFEAFQLGMAPAYIAFLRFMGDDNEAKNYSYSLEVGGNGRKVVWQGV...
XP_057807852.1
MLSMASGPSYSVDSRNKPEVIDPPPKENVLDIRENVNENVQTTLKPNPAVTRGVRELLKCPVCLNAMYPPISQCSNGHTLCSGCKPRMHNRCPTCRHELGNIRCLVLEKVAASLELPCKYQNFGCIGIYPYYSKLKHEYQCAFRPYSCPYAGSDCSAVGDIPFLVSHLKDDHKVDMHSGSTFNHRYVKSNPHEVENATWMLTVFSCFGQYFCLHFEAFQLGMAPAYIAFLRFMGDDNEAKNYSYSLEVGGNGRKVVWQGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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