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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000545

染色体: Chr04 坐标: 6060625-6065993 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000545
名称SmilChr04G000545
描述hydroxyproline O-arabinosyltransferase RDN2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向6060625 - 6065993 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022428
GeneID131022428
locus_tag-
NCBI NameLOC131022428
原始查询LOC131022428

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hydroxyproline O-arabinosyltransferase RDN2-like
产物hydroxyproline O-arabinosyltransferase RDN2-like
ArabidopsisAT5G13500 (AT5G13500)
Hyp O-arabinosyltransferase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831194]
identity=76.2; qcov=0.96; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0386000
-
identity=76.3; qcov=0.902; evalue=1.67e-175; confidence=high
GOGO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGGsmil00514 (Other types of O-glycan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF23452 (HPAT); PF28609 (HPAT_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022428

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057807896.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057807900.1
3 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057807896.1
4 Endoplasmic reticulum lumen 内质网腔 0.20000 XP_057807900.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807896.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:6061693 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B94,C13
Chr4:6061932 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr4:6061937 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B45
Chr4:6062754 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C54
Chr4:6062772 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C57
Chr4:6062772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr4:6063186 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1
Chr4:6063235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B42,B43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807896.1
376 aa
N
1
188
376
HPAT
HPAT_C
C
PF23452 HPAT 69-274 aa PF28609 HPAT_C 293-362 aa
XP_057807897.1
376 aa
N
1
188
376
HPAT
HPAT_C
C
PF23452 HPAT 69-274 aa PF28609 HPAT_C 293-362 aa
XP_057807898.1
347 aa
N
1
174
347
HPAT
HPAT
HPAT_C
C
PF23452 HPAT 69-102 aa PF23452 HPAT 104-245 aa PF28609 HPAT_C 264-333 aa
XP_057807899.1
347 aa
N
1
174
347
HPAT
HPAT
HPAT_C
C
PF23452 HPAT 69-102 aa PF23452 HPAT 104-245 aa PF28609 HPAT_C 264-333 aa
XP_057807900.1
328 aa
N
1
164
328
HPAT
HPAT_C
C
PF23452 HPAT 21-226 aa PF28609 HPAT_C 245-314 aa
XP_057807901.1
328 aa
N
1
164
328
HPAT
HPAT_C
C
PF23452 HPAT 21-226 aa PF28609 HPAT_C 245-314 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807896.1 Pfam PF23452 HPAT Domain 69 274 4.1e-89 298.9 Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family N-terminal domain
XP_057807896.1 Pfam PF28609 HPAT_C Domain 293 362 3.1e-29 101.3 Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family C-terminal domain
XP_057807897.1 Pfam PF23452 HPAT Domain 69 274 4.1e-89 298.9 Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family N-terminal domain
XP_057807897.1 Pfam PF28609 HPAT_C Domain 293 362 3.1e-29 101.3 Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family C-terminal domain
XP_057807898.1 Pfam PF23452 HPAT Domain 69 102 2e-68 231.3 Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family N-terminal domain
XP_057807898.1 Pfam PF23452 HPAT Domain 104 245 2e-68 231.3 Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family N-terminal domain
XP_057807898.1 Pfam PF28609 HPAT_C Domain 264 333 2.7e-29 101.5 Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family C-terminal domain
XP_057807899.1 Pfam PF23452 HPAT Domain 69 102 2e-68 231.3 Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family N-terminal domain
XP_057807899.1 Pfam PF23452 HPAT Domain 104 245 2e-68 231.3 Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family N-terminal domain
XP_057807899.1 Pfam PF28609 HPAT_C Domain 264 333 2.7e-29 101.5 Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family C-terminal domain
XP_057807900.1 Pfam PF23452 HPAT Domain 21 226 2.9e-89 299.4 Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family N-terminal domain
XP_057807900.1 Pfam PF28609 HPAT_C Domain 245 314 2.6e-29 101.6 Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family C-terminal domain
XP_057807901.1 Pfam PF23452 HPAT Domain 21 226 2.9e-89 299.4 Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family N-terminal domain
XP_057807901.1 Pfam PF28609 HPAT_C Domain 245 314 2.6e-29 101.6 Hydroxyproline O-arabinosyltransferase family C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057951913.1
CGAAAGAGCTAATTACAGTAAATAAAAGCCACATGTCGTAACGGACAAACGTTATTACGTGTGTGCGTACTAGGTTGTGTCAGTGTGGATGTATTACACTCCTCTTTAACAATATTTTTCTCATTCTTCTTCTTCTTTTTGTGTCATCTTTCACTCATTCGCCATTCTTGCTTTCTTTCTCCCATCCCATGCCGCCCTTCTTCATCACAGGTTCATGTAGGACTTGGTATTTGTTAGAAGAATCTCACAACTTATATCTC...
XM_057951915.1
TTACGTGTGTGCGTACTAGGTTGTGTCAGTGTGGATGTATTACACTCCTCTTTAACAATATTTTTCTCATTCTTCTTCTTCTTTTTGTGTCATCTTTCACTCATTCGCCATTCTTGCTTTCTTTCTCCCATCCCATGCCGCCCTTCTTCATCACAGATTGCAGATGAGAGTCTGTCTGTATTCGGTGCAAGTTGTTCATTTGCATCAAGACGGCTGAATCGCTTCACTTCTGCAGGTTCATGTAGGACTTGGTATTTGTT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131022428
ATGAGGCAAGCAGTAGCCTTCTTCACGGTACTCTTGTCTATTGGGGGTTTCCTCTTGACATGTAATTTTGTGTCTATGATTGTACGTTACCAGAAAACCGGTCCTATAAAATTGGCATCCAATGAGAACCGGAATAAACTTGTGATGGATCCTCTGGTTGAGATGCCAGAGCATGTGAAAAGATCGAGGGTTGAAAGGCGAGCTTTTCATGTCGCCCTCACAGCCACCGATAGGCCTTACAGCAAATGGCAGTGCCGTAT...
LOC131022428
ATGAGGCAAGCAGTAGCCTTCTTCACGGTACTCTTGTCTATTGGGGGTTTCCTCTTGACATGTAATTTTGTGTCTATGATTGTACGTTACCAGAAAACCGGTCCTATAAAATTGGCATCCAATGAGAACCGGAATAAACTTGTGATGGATCCTCTGGTTGAGATGCCAGAGCATGTGAAAAGATCGAGGGTTGAAAGGCGAGCTTTTCATGTCGCCCTCACAGCCACCGATAGGCCTTACAGCAAATGGCAGTGCCGTAT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057807896.1
MRQAVAFFTVLLSIGGFLLTCNFVSMIVRYQKTGPIKLASNENRNKLVMDPLVEMPEHVKRSRVERRAFHVALTATDRPYSKWQCRIMYYWYKKKKDLAGSNMGKFTRILHSGSADNLMDEIPTVVVDPLPPGLDQGYVVLNRPWAFVQWLEKSTIEEEYILMAEPDHIFLKPLPSLVYEEYPAAFPFFYIKPAENEKIIRKFFPEEMGPVSNIDPIGNSPVIIKKDLLEKIAPTWMNVSLKMKNDPETDSTFGWVLEMY...
XP_057807897.1
MRQAVAFFTVLLSIGGFLLTCNFVSMIVRYQKTGPIKLASNENRNKLVMDPLVEMPEHVKRSRVERRAFHVALTATDRPYSKWQCRIMYYWYKKKKDLAGSNMGKFTRILHSGSADNLMDEIPTVVVDPLPPGLDQGYVVLNRPWAFVQWLEKSTIEEEYILMAEPDHIFLKPLPSLVYEEYPAAFPFFYIKPAENEKIIRKFFPEEMGPVSNIDPIGNSPVIIKKDLLEKIAPTWMNVSLKMKNDPETDSTFGWVLEMY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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