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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000554`

染色体: Chr04 坐标: 6176219-6178488 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000554`
名称	SmilChr04G000554
描述	thioredoxin-like protein CITRX1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	6176219 - 6178488 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022436`
GeneID	`131022436`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022436`
原始查询	`LOC131022436`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	thioredoxin-like protein CITRX1, chloroplastic
产物	thioredoxin-like protein CITRX1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G06730` (TRX z) Thioredoxin z [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819858] identity=83.2; qcov=0.723; evalue=1.41e-78; confidence=high
Rice	`Os08g0378900` (OsTRXz) - identity=77.3; qcov=0.688; evalue=3.46e-68; confidence=high
GO	GO:0009579 (thylakoid); GO:0009657 (plastid organization); GO:0015035 (protein-disulfide reductase activity); GO:0045454 (cell redox homeostasis)
KEGG	-
Pfam	PF00085 (Thioredoxin); PF13098 (Thioredoxin_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022436

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057807905.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057807905.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807905.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807905.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807905.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:6176264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,A3
`Chr4:6176289`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C33,C46
`Chr4:6176294`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B137,B25
`Chr4:6176331`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C76,C8,D1
`Chr4:6176391`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C6
`Chr4:6176391`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C6
`Chr4:6176396`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	B104,B126,B129,B136,B40,B77,B78,C14,C16,C17,C75,C80,D1,D5,D8
`Chr4:6176398`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C6
`Chr4:6176398`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C6
`Chr4:6176399`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	14	B104,B126,B129,B136,B40,B77,B78,C14,C16,C17,C75,C80,D1,D5
`Chr4:6176800`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B3,B42,B49,C16,C32,C87
`Chr4:6176815`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807905.1

173 aa

173

Thioredoxin

Thioredoxin_2

PF00085 Thioredoxin 68-152 aa PF13098 Thioredoxin_2 82-170 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807905.1`	Pfam	`PF00085`	Thioredoxin	Domain	68	152	3.4e-19	69.5	Thioredoxin
`XP_057807905.1`	Pfam	`PF13098`	Thioredoxin_2	Domain	82	170	3.2e-09	37.8	Thioredoxin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951922.1
ATGCAAACTTCAATCTTTTCATTCTATGCTCCACCTCCACTTCAGCCTCCGAATTCCTCGCCTTGTTCGCGGAAGCCAAACACACTATTTTTCACCTCCACATTTGACAGCAGACCTTCCACCCTATCAACTCAAAGGCTCTCAAGAAAGCTTATCTGCAAACCCCCTGCAGGAAAATATCTCAGCGACGATTATCTTGTGAAAAAACTATCTGCAAAAGAAATCCAGGAGTTGGTGAAGGGAGAGAGGAATGTGCCACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022436
ATGCAAACTTCAATCTTTTCATTCTATGCTCCACCTCCACTTCAGCCTCCGAATTCCTCGCCTTGTTCGCGGAAGCCAAACACACTATTTTTCACCTCCACATTTGACAGCAGACCTTCCACCCTATCAACTCAAAGGCTCTCAAGAAAGCTTATCTGCAAACCCCCTGCAGGAAAATATCTCAGCGACGATTATCTTGTGAAAAAACTATCTGCAAAAGAAATCCAGGAGTTGGTGAAGGGAGAGAGGAATGTGCCACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807905.1
MQTSIFSFYAPPPLQPPNSSPCSRKPNTLFFTSTFDSRPSTLSTQRLSRKLICKPPAGKYLSDDYLVKKLSAKEIQELVKGERNVPLIIDFYATWCGPCVLMAQELEMLAVEYENNAVIVKVDTDDEYEFSRDMQVRGLPTLYFISPDPKKDAIRTEGLIPIQMMRDILDNEM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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