Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000553`

染色体: Chr04 坐标: 6173659-6175974 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000553`
名称	SmilChr04G000553
描述	uncharacterized SmilChr04G000553
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	6173659 - 6175974 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022437`
GeneID	`131022437`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022437`
原始查询	`LOC131022437`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830005]; symbol=AT4G38490; hit=AT4G38490; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830005]; symbol=AT4G38490; hit=AT4G38490; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT4G38490` (AT4G38490) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830005] identity=53.9; qcov=0.622; evalue=4.98e-30; confidence=medium
Rice	`Os09g0450200` - identity=45.9; qcov=0.823; evalue=8.55e-28; confidence=medium
GO	GO:0006605 (protein targeting); GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF00584 (SecE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022437

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057807907.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057807907.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.80000	`XP_057807907.1`
4	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.40000	`XP_057807907.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807907.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:6174140`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr4:6174921`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr4:6175096`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B113,C30,C69
`Chr4:6175120`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	45	A1,A19,A20,A21,A3,A5,B1,B100,B104,B106,B109,B113,B119,B133,B14,B22,B24,B31,B35,B44,B56,B80,B84,B86,B87,B89,B94,B96,C30,C32,C36,C40,C42,C46,C47,C65,C69,C7,C70,C72,C74,C8,C80,C82,D7
`Chr4:6175159`	`T`	`TAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	12	A1,A22,A3,B11,B129,B28,B89,C36,C47,C64,C65,C74
`Chr4:6175204`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807907.1

164 aa

164

SecE

PF00584 SecE 104-155 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807907.1`	Pfam	`PF00584`	SecE	Family	104	155	3.9e-08	33.8	SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951924.1
TTCCCCAATCCCTAATTTCGGAAGGATTGAAGGATCCTTCGGCCGTCCCGCCACAACCTCCGCCGCCCGCTGTCGCCTTACGCGCTTAACTTCGCATATAGACATGGCAACATTTTCTGGGTCAATTCTGAATTTCTCAGGTATTAAAATCCTGGCAAATGGTGCTGGCTACCCTAATGTGCCATTGCTCCAGATTCACAAGTGCGATGCAACCGGATTTAGTAAATTTCACCAGGAGACTGGATCAGCATCGAGAAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022437
ATGGCAACATTTTCTGGGTCAATTCTGAATTTCTCAGGTATTAAAATCCTGGCAAATGGTGCTGGCTACCCTAATGTGCCATTGCTCCAGATTCACAAGTGCGATGCAACCGGATTTAGTAAATTTCACCAGGAGACTGGATCAGCATCGAGAAGGAAGCTGTCGTTTCATGGGCGTGCCATCCCAACGCCTATTTTATGTGCTGCAGGAAGAAACTATGAACTGGATCACAATGATGACTATCATAAAGAGCCTTTCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807907.1
MATFSGSILNFSGIKILANGAGYPNVPLLQIHKCDATGFSKFHQETGSASRRKLSFHGRAIPTPILCAAGRNYELDHNDDYHKEPFWLSTIQTVTWATRSLFLFLVEQPSQLRYIEWPSFQSTLKTAMLTLVLVALLIVALSSVDSALSYLLALFLRRKAWLWK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器