Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000581`

染色体: Chr04 坐标: 6463063-6464878 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000581`
名称	SmilChr04G000581
描述	uncharacterized SmilChr04G000581
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	6463063 - 6464878 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022462`
GeneID	`131022462`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022462`
原始查询	`LOC131022462`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os04g0590366` - identity=32.9; qcov=0.528; evalue=4.18e-23; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF12776 (Myb_DNA-bind_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022462

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807932.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807932.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807932.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807932.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057807932.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:6463659`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	95	A11,A13,A15,A18,A19,A20,A22,A24,A3,A5,B1,B106,B107,B111,B112,B113,B119,B12,B123,B130,B133,B134,B140,B24,B29,B3,B31,B32,B35,B37,B42,B43,B48,B50,B6,B65,B68,B69,B70,B71,B77,B78,B8,B82,B86,B87,B94,B99,C11,C13,C15,C24,C25,C32,C33,C35,C36,C39,C4,C41,C47,C48,C51,C52,C53,C55,C57,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C73,C75,C78,C79,C8,C80,C82,C83,C84,C86,C87,D10,D11,D3,D4,D6,D7,D8,D9
`Chr4:6463694`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr4:6463720`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	36	A7,B100,B114,B115,B120,B121,B124,B125,B136,B15,B2,B25,B40,B46,B47,B5,B59,B60,B64,B67,B69,B73,B79,B84,B87,B95,C17,C22,C29,C37,C41,C44,C46,C62,C75,C76
`Chr4:6463875`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	34	A1,B100,B101,B115,B120,B124,B125,B15,B2,B33,B40,B41,B47,B5,B6,B64,B69,B71,B73,B78,B79,B95,C12,C34,C41,C45,C46,C51,C52,C61,C62,C63,C8,D3
`Chr4:6463877`	`AAT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	34	A1,B100,B101,B115,B120,B124,B125,B15,B2,B33,B40,B41,B47,B5,B6,B64,B69,B71,B73,B78,B79,B95,C12,C34,C41,C45,C46,C51,C52,C61,C62,C63,C8,D3
`Chr4:6463908`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52
`Chr4:6463930`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B54,B76,C32,C68
`Chr4:6464104`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B54,B76,C32,C68
`Chr4:6464205`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B7
`Chr4:6464277`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B56,B68,B96,D8
`Chr4:6464311`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr4:6464479`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B31,B41,B66,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807932.1

316 aa

158

316

Myb_DNA-bind_3

PF12776 Myb_DNA-bind_3 26-121 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807932.1`	Pfam	`PF12776`	Myb_DNA-bind_3	Domain	26	121	9.6e-09	36.8	Myb/SANT-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951949.1
CAACTTCTCGCGCCAAAAACAGGGTGTGGCATACCGTCGGTTTCACATTGAAGAAGGCTTCGACGGGAACGCAAGAAGCTCCTCATCGACAACAACATGAGTACAACGACACAGGGAAGCAACGAGGTTTCTCGTGGTGGGCGTCTTAACAAAACTGATAAGACACGCCGCAGCTGGACCACACGAGAGGAAGAGGTCCTCTTGGCTGCACTGAAGGAATTAGTGGCTCAAGGGTGGAAATCCGACAATGGATTTCGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022462
ATGAGTACAACGACACAGGGAAGCAACGAGGTTTCTCGTGGTGGGCGTCTTAACAAAACTGATAAGACACGCCGCAGCTGGACCACACGAGAGGAAGAGGTCCTCTTGGCTGCACTGAAGGAATTAGTGGCTCAAGGGTGGAAATCCGACAATGGATTTCGCCCGGGATATTTGACGAAGCTCGAGGAAGCTATGAGGAAGGCATTTCCTACGACGGACTTGAAGGGTATGCCACACATCAATTCGAAAACGACAACTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807932.1
MSTTTQGSNEVSRGGRLNKTDKTRRSWTTREEEVLLAALKELVAQGWKSDNGFRPGYLTKLEEAMRKAFPTTDLKGMPHINSKTTTWKKNYYSLCEMLKNSGVGFNVAGTHMIDCTDEQWEGIVQKDNNARFMRYKSWPYLDAWKEIFGKDRANGDMAEDMMEATHDMYRDIDLSQPHGDGDYHVNLDDIFENANEDECASQVKQSEVVTPVVIKKKRKTADGFSVMCAALTDISKDTGKRLDTISTRVGHDVDVSRARK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器