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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000586`

染色体: Chr04 坐标: 6515826-6520158 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000586`
名称	SmilChr04G000586
描述	transcription factor ABORTED MICROSPORES
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	6515826 - 6520158 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022468`
GeneID	`131022468`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022468`
原始查询	`LOC131022468`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor ABORTED MICROSPORES
产物	transcription factor ABORTED MICROSPORES
Arabidopsis	`AT2G16910` (AMS) basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816194] identity=43.8; qcov=1.07; evalue=1.77e-119; confidence=medium
Rice	`Os02g0120500` (TDR) transcription factor TDR-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4328113] identity=35.2; qcov=1.02; evalue=1.2e-68; confidence=medium
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF00010 (HLH); PF14215 (bHLH-MYC_N); PF22754 (bHLH-TF_ACT-like_plant); PF23177 (bHLH_IRO3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022468

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057807943.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807943.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807943.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057807943.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057807943.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:6516162`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,B68,B96
`Chr4:6516192`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:6516573`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:6518046`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:6518059`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,B7,B96
`Chr4:6518389`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:6518440`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr4:6518555`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B135,B63
`Chr4:6518613`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr4:6518633`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B104
`Chr4:6518933`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C33
`Chr4:6519921`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807943.1

492 aa

246

492

bHLH-MYC_N

HLH

bHLH_IRO3

bHLH-TF_ACT-like_plant

PF14215 bHLH-MYC_N 8-151 aa PF00010 HLH 269-314 aa PF23177 bHLH_IRO3 271-326 aa PF22754 bHLH-TF_ACT-like_plant 380-455 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807943.1`	Pfam	`PF14215`	bHLH-MYC_N	Family	8	151	5.9e-17	63.2	bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal
`XP_057807943.1`	Pfam	`PF00010`	HLH	Domain	269	314	4.5e-12	46.3	Helix-loop-helix DNA-binding domain
`XP_057807943.1`	Pfam	`PF23177`	bHLH_IRO3	Domain	271	326	1.1e-07	32.8	Iron-related transcription factor 3 bHLH domain
`XP_057807943.1`	Pfam	`PF22754`	bHLH-TF_ACT-like_plant	Domain	380	455	2.3e-09	37.9	Plant bHLH transcription factor, ACT-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951960.1
GTGAGGTAAAAACGATCAAATTAAATCTGCTGATATAAAAAATCTTGAGAAAAATCATGGCATAAAAAGGACACTACTATTATATATATATGAATTTGTTGTGAAGAAGAAATTAAAGAGGCAGAGAAATGCTAGTGCAAAGCTTCATAGAGAGGCTTAGGCCCCTTGTGGGGATCAAGGGCTGGGATTACATCGTGCTGTGGAAGCTCAGCGATGATCGCAGGTCTATTGAGTTGATGGATTGCTGCTGTGCCGGAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022468
ATGCTAGTGCAAAGCTTCATAGAGAGGCTTAGGCCCCTTGTGGGGATCAAGGGCTGGGATTACATCGTGCTGTGGAAGCTCAGCGATGATCGCAGGTCTATTGAGTTGATGGATTGCTGCTGTGCCGGAGGAGACAACGCCGACGAGCTCGGCTTCGAGGCTTCTTCTTCTACCCTTCCTTGTAGAGACGTCATGTATCCTCATCCAAGGCTCAAGTCATGTGATTTACTTGACCTCATTCCTTCATCCATGGTGTTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807943.1
MLVQSFIERLRPLVGIKGWDYIVLWKLSDDRRSIELMDCCCAGGDNADELGFEASSSTLPCRDVMYPHPRLKSCDLLDLIPSSMVLDSGVHAQTLCSNQARWLNYSHSSDSSLSSQDDIGTRVLIPLSVGLVELFVNNQVGEDEGVVDLIRVQCSIFLEHQTTMSNSGTTDSFSSGQKDPMSLFQQPVSSPNEKMMELPNDISIDRIHLSNGIFLEGECIFTPSMENAFHDQMQEECENNRSDDSDPNDQDEDDPKYRRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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