当前解析结果
SmilChr04G000590| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000590 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000590 |
| 描述 | probable carboxylesterase 17 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 6590307 - 6591658 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022472 |
|---|---|
| GeneID | 131022472 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022472 |
| 原始查询 | LOC131022472 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable carboxylesterase 17 |
| 产物 | probable carboxylesterase 17 |
| Arabidopsis | AT5G16080 (CXE17)carboxyesterase 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831465] identity=37; qcov=0.916; evalue=1.69e-55; confidence=medium |
| Rice | Os05g0410200 (Hsr203j)- identity=50.8; qcov=1.01; evalue=1.56e-106; confidence=high |
| GO | GO:0016787 (hydrolase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07859 (Abhydrolase_3); PF10340 (Say1_Mug180); PF20434 (BD-FAE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022472 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057807951.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057807951.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057807951.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057807951.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057807951.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:6590450 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
Chr4:6590463 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C39,C75 |
Chr4:6590592 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B41,C39,C75 |
Chr4:6590630 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B15 |
Chr4:6590631 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B114,B15,C76 |
Chr4:6590730 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A22,B120 |
Chr4:6590933 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B96 |
Chr4:6591049 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C37 |
Chr4:6591049 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C37 |
Chr4:6591154 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B68 |
Chr4:6591154 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr4:6591317 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057807951.1PF20434
BD-FAE 65-184 aa
PF10340
Say1_Mug180 72-177 aa
PF07859
Abhydrolase_3 81-303 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057807951.1 |
Pfam | PF20434 |
BD-FAE | Domain | 65 | 184 | 1.3e-06 | 28.8 | BD-FAE |
XP_057807951.1 |
Pfam | PF10340 |
Say1_Mug180 | Family | 72 | 177 | 6.5e-06 | 26.0 | Steryl acetyl hydrolase |
XP_057807951.1 |
Pfam | PF07859 |
Abhydrolase_3 | Domain | 81 | 303 | 1.6e-51 | 175.8 | alpha/beta hydrolase fold |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。