Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000607`

染色体: Chr04 坐标: 6868951-6871715 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000607`
名称	SmilChr04G000607
描述	cytochrome P450 98A2-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	6868951 - 6871715 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022484`
GeneID	`131022484`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022484`
原始查询	`LOC131022484`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome P450 98A2-like
产物	cytochrome P450 98A2-like
Arabidopsis	`AT2G40890` (CYP98A3) cytochrome P450, family 98, subfamily A, polypeptide 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818686] identity=71.8; qcov=0.967; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0494000` (OsC3'H1) - identity=62.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	smil00940 (Phenylpropanoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00941 (Flavonoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00945 (Stilbenoid, diarylheptanoid and gingerol biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022484

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057807971.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057807971.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057807971.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057807971.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057807971.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:6869242`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15
`Chr4:6869305`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr4:6869564`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	12	A3,B126,B14,B21,B49,B72,B80,B94,C34,C40,C55,C60
`Chr4:6870345`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B128,B130
`Chr4:6870345`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B128,B130
`Chr4:6871050`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B46,B75,C16,C37,D7
`Chr4:6871071`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807971.1

509 aa

254

509

p450

PF00067 p450 29-477 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057807971.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	29	477	1.1e-104	351.6	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057951988.1
AATTTTGTTGATGCACCTACTATAGTGTATGGAAACATAAACGTGGGCAAGCTGGGTGGGATCCCCAACTACCCTTCAACACCTGCTCGCTTCAACTCACATTTACAACTATATTACTACCACACACACACACAGCCTCCTTATTCCTTCAACAATGGCGCCTCTCGCTCTCCTCCTCCTCTCCCTCCCCGTCTTCTTCCTCCTCCACAACCTCTACTACCGCCTCCGCTTCCGCCTTCCCCCGGGGCCCCGCCCCTGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022484
ATGGCGCCTCTCGCTCTCCTCCTCCTCTCCCTCCCCGTCTTCTTCCTCCTCCACAACCTCTACTACCGCCTCCGCTTCCGCCTTCCCCCGGGGCCCCGCCCCTGGCCGATCGTCGGCAACCTCTACGACGTCAAGCCGCTCCAGTTCCGCTGCTTCGCCGATTGGGCCCACTCCTACGGTCCCATCATATCCGTCTGGTTCGGCTCCACCCTCAACGTCGTCGTTTCCAGCACCGAGCTCGCCAAGGAGGTTCTCAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057807971.1
MAPLALLLLSLPVFFLLHNLYYRLRFRLPPGPRPWPIVGNLYDVKPLQFRCFADWAHSYGPIISVWFGSTLNVVVSSTELAKEVLKEKDQQLADRYRSRTATRLTKYGQDLIWADYGPHYVKVRKVCTVALFSAKSLESLRPIREDEVSAMVESIYNDCTAPGNSSKSLLLRKYLGAVSFNNITRIAFGKRYVDTEGRIHKQGEEMRSIADNRLRLGASRAIAEHIPWLRWMFPLNEEEFAKHAARRDRLTREIMEDHNI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器