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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000594

染色体: Chr04 坐标: 6651202-6652429 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000594
名称SmilChr04G000594
描述probable carboxylesterase 17
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向6651202 - 6652429 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022494
GeneID131022494
locus_tag-
NCBI NameLOC131022494
原始查询LOC131022494

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable carboxylesterase 17
产物probable carboxylesterase 17
ArabidopsisAT5G16080 (CXE17)
carboxyesterase 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831465]
identity=36.3; qcov=1.01; evalue=2.65e-61; confidence=medium
RiceOs05g0410200 (Hsr203j)
-
identity=52.5; qcov=1.02; evalue=6.79e-110; confidence=high
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF00135 (COesterase); PF07859 (Abhydrolase_3); PF10340 (Say1_Mug180); PF20434 (BD-FAE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022494

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057807986.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057807986.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057807986.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057807986.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057807986.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:6651417 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B76
Chr4:6651417 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B76
Chr4:6651662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,A5,B73,B74,C77
Chr4:6651776 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr4:6651833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B94,C13
Chr4:6651860 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr4:6651897 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057807986.1
329 aa
N
1
164
329
COesterase
Say1_Mug180
BD-FAE
Abhydrolase_3
C
PF00135 COesterase 48-177 aa PF10340 Say1_Mug180 51-173 aa PF20434 BD-FAE 63-176 aa PF07859 Abhydrolase_3 81-297 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057807986.1 Pfam PF00135 COesterase Domain 48 177 2.5e-08 34.1 Carboxylesterase family
XP_057807986.1 Pfam PF10340 Say1_Mug180 Family 51 173 1.4e-05 24.9 Steryl acetyl hydrolase
XP_057807986.1 Pfam PF20434 BD-FAE Domain 63 176 2.5e-10 41.0 BD-FAE
XP_057807986.1 Pfam PF07859 Abhydrolase_3 Domain 81 297 4.7e-53 180.8 alpha/beta hydrolase fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952003.1
AGGAGCCTCAAAAACCAACTATATAATGCAGCATATTTTCATTCAACTTTGTAACTACACACAACTTTGTAACAAACAACCATAATTAGAGCTTCACATAAAAAAAAAAAAAATAGCCCAAAAATGGTCCAAGAAAAGAAAGTGATCGACCAAGTTTCCGGTTGGCTGACACTCTTCGACGACGGCTCCGTCGACCGCACATGGGCCGGCCCGCCGGAGGTCAAGTTCATGACCGACGCCGTGCCGCCCCACCACCACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022494
ATGGTCCAAGAAAAGAAAGTGATCGACCAAGTTTCCGGTTGGCTGACACTCTTCGACGACGGCTCCGTCGACCGCACATGGGCCGGCCCGCCGGAGGTCAAGTTCATGACCGACGCCGTGCCGCCCCACCACCACTTCGTAGAGGGCGTCGCCACCGCCGACGTCGCCGCCTCCAAAAACCTCAAGCTCCGCATATACCTACCGGAGAAGCAAGAAACCGACGCCGAGAAGCTCCCCGTGCTCCTCCACTTCCACGGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057807986.1
MVQEKKVIDQVSGWLTLFDDGSVDRTWAGPPEVKFMTDAVPPHHHFVEGVATADVAASKNLKLRIYLPEKQETDAEKLPVLLHFHGGGFCISEANWYMYYAVYTRLAREARAIVVSPYLRLAPDHHLPAAIDDGLAALRWLSAGAGGEPWLHEHADMGRVFLIGDSSGGNIVHQVAAMAGGEGLRVAGAIPVHPGFCRQRRSRSEVENPETPFLTLDMMDKFLALALPAGATKDHPITCPMGEAAPPLEGMKLPPYLYCV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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