Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000614`

染色体: Chr04 坐标: 6929908-6934239 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000614`
名称	SmilChr04G000614
描述	uncharacterized SmilChr04G000614
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	6929908 - 6934239 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022506`
GeneID	`131022506`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022506`
原始查询	`LOC131022506`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Gag-Pol polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745586]; symbol=AT2G38695; hit=AT2G38695; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Gag-Pol polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745586]; symbol=AT2G38695; hit=AT2G38695; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT2G38695` (AT2G38695) Gag-Pol polyprotein/retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745586] identity=77.8; qcov=0.67; evalue=1.82e-69; confidence=high
Rice	`Os09g0442800` (P0046G12.28-1) - identity=62.2; qcov=0.803; evalue=1.18e-63; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022506

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057808005.1`
2	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057808007.1`
3	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057808005.1`
4	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057808007.1`
5	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	0.80000	`XP_057808007.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:6930299`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B82,B95,C11,C50,C69
`Chr4:6930363`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:6933577`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B58
`Chr4:6933593`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,B8,C83
`Chr4:6933595`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B105
`Chr4:6933595`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B105
`Chr4:6933597`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B8,C83
`Chr4:6933626`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr4:6933632`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	39	A14,A16,A19,A6,B1,B102,B109,B126,B136,B18,B27,B34,B36,B38,B39,B42,B43,B45,B57,B65,B7,B72,B75,B80,B91,B99,C12,C2,C20,C22,C27,C40,C50,C55,C70,C84,D11,D4,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952023.1
CATCCTCCTGTACACACTTGGTGTGCGAGAGTATTATAATTAAAGATTATATTTATATTTAATTTTTTTTAGAAAAGTGAAGGAATCGAGATTTCCTTGTCATTTATCAGCAACAGCAAAAGTAATTCAACATAATATGATTCATGGTTTTACTTTGTTCAACAATGAGCATTTCCTTGCCGTTAAATCCTGTTACTTCTGCTGTCGTCTGCTTTCGTCCTCCGCCCCAAATGCCGGTGCTCTCCGCCGCTCGATTTTCC...

XM_057952022.1
GAGATTTCCTTGTCATTTATCAGCAACAGCAAAAGTAATTCAACATAATATGATTCATGGTTTTACTTTGTTCAACAATGAGCATTTCCTTGCCGTTAAATCCTGTTACTTCTGCTGTCGTCTGCTTTCGTCCTCCGCCCCAAATGCCGGTGCTCTCCGCCGCTCGATTTTCCGGAATTCCGTTTGCCACCAAAACTCATCTGCTTCGCTTATGTTCTGCTAGTTCCGGCAACGCTGGCTCTTCAGGTTTTGATGGCAGT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131022506
ATGGTTTTACTTTGTTCAACAATGAGCATTTCCTTGCCGTTAAATCCTGTTACTTCTGCTGTCGTCTGCTTTCGTCCTCCGCCCCAAATGCCGGTGCTCTCCGCCGCTCGATTTTCCGGAATTCCGTTTGCCACCAAAACTCATCTGCTTCGCTTATGTTCTGCTAGTTCCGGCAACGCTGGCTCTTCAGGTTTTGATGGCAGTTCTGTAGAGAAGCAAGGTTCAAATGGAAAGGACGATAATTCTCAAGCTGTCTCATC...

LOC131022506
ATGGTTTTACTTTGTTCAACAATGAGCATTTCCTTGCCGTTAAATCCTGTTACTTCTGCTGTCGTCTGCTTTCGTCCTCCGCCCCAAATGCCGGTGCTCTCCGCCGCTCGATTTTCCGGAATTCCGTTTGCCACCAAAACTCATCTGCTTCGCTTATGTTCTGCTAGTTCCGGCAACGCTGGTAGACCAGGCTCTTCAGGTTTTGATGGCAGTTCTGTAGAGAAGCAAGGTTCAAATGGAAAGGACGATAATTCTCAAGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057808005.1
MVLLCSTMSISLPLNPVTSAVVCFRPPPQMPVLSAARFSGIPFATKTHLLRLCSASSGNAGSSGFDGSSVEKQGSNGKDDNSQAVSSNEILVRLKRYGISGILSYGLLNTAYYLTTFLVVWFYVAPAPAKMGYLAAAERFLKVMAMVWAGSQVTKLMRAGGALALAPFVDRGLSWFTIKMGFESQGKAFMAIAGLCFGLAFLMFVIVTLLWA

XP_057808006.1
MVLLCSTMSISLPLNPVTSAVVCFRPPPQMPVLSAARFSGIPFATKTHLLRLCSASSGNAGRPGSSGFDGSSVEKQGSNGKDDNSQAVSSNEILVRLKRYGISGILSYGLLNTAYYLTTFLVVWFYVAPAPAKMGYLAAAERFLKVMAMVWAGSQVTKLMRAGGALALAPFVDRGLSWFTIKMGFESQGKAFMAIAGLCFGLAFLMFVIVTLLWA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器