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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000641

染色体: Chr04 坐标: 7280264-7283951 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000641
名称SmilChr04G000641
描述uncharacterized SmilChr04G000641
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向7280264 - 7283951 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022511
GeneID131022511
locus_tag-
NCBI NameLOC131022511
原始查询LOC131022511

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022511

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057808017.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057808019.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057808013.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057808019.1
5 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057808019.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:7282183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138
Chr4:7283172 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B32,C54,C9
Chr4:7283265 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 7 A18,B140,B33,C32,C68,D10,D4
Chr4:7283268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B2
Chr4:7283306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,A2,C60,C61
Chr4:7283536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B34,C60,C68
Chr4:7283572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr4:7283581 GGA G 2bp_deletion frameshift_variant 6 B140,B33,C32,C68,D10,D4
Chr4:7283612 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B104,B2
Chr4:7283612 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B2
Chr4:7283649 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,C32,D10,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XR_009101305.1
CCATTTCATCTCCACTTCCTCTTTCACGGTTTCACTCTCCCTCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCGAGCTCAGATCGCCGGCGAAGCGCCACTGCCCCGGCCTCGTCGCCTCCGCCATCTCTTGCTTCACCCCCCGCCGCAACTTTAGCCTCCCATGTAGAAGAGCATACTGGAGATGTAGAGAAGAGGCGCGAAGAGGAAAATCCCCTGGCGCTTGAGGAGGAAAGAGAGCAGGATCCAGACGAGGCGCTGCGCG...
XR_009101304.1
CATTTCATCTCCACTTCCTCTTTCACGGTTTCACTCTCCCTCCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCGAGCTCAGATCGCCGGCGAAGCGCCACTGCCCCGGCCTCGTCGCCTCCGCCATCTCTTGCTTCACCCCCCGCCGCAACTTTAGCCTCCCATGTAGAAGAGCATACTGGAGATGTAGAGAAGAGGCGCGAAGAGGAAAATCCCCTGGCGCTTGAGGAGGAAAGAGAGCAGGATCCAGACGAGGCGCTGCGCGA...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131022511
ATGTGCCGTCCTCTCCCCTCGTCGGGCTTCTCCAGGTTTATGTTCTTATTTCGTCGTATATTTCATTATATATTTTCTCCTACACTGGATTGTGGGCTCCACAGAGCGGCAGCTCCACGGAGCTCGAGATACTGCAGCGGAGCGGCAGCTCCACGGAGCTCGAGATACTGCAGCGGAGCGGCAGCTCCACGGAGAAGAAACAAGCTGAGGAGTTTACCAGAGGACTCACCTGTCCACTCTTCAAGCAGCGATGACTTTGT...
LOC131022511
ATGTGCCGTCCTCTCCCCTCGTCGGGCTTCTCCAGGTTTATGTTCTTATTTCGTCGTATATTTCATTATATATTTTCTCCTACACTGGATTGTGGGCTCCACAGAGCGGCAGCTCCACGGAGCTCGAGATACTGCAGCGGAGCGGCAGCTCCACGGAGCTCGAGATACTGCAGCGGAGCGGCAGCTCCACGGAGAAGAAACAAGCTGAGGAGTTTACCAGAGGACTCACCTGTCCACTCTTCAAGCAGCGATGACTTTGT...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057808013.1
MCRPLPSSGFSRFMFLFRRIFHYIFSPTLDCGLHRAAAPRSSRYCSGAAAPRSSRYCSGAAAPRRRNKLRSLPEDSPVHSSSSDDFVAILDAELDAASDSSDDSEAVAEEEESSEEDDDDRSDYLELGRAHEPQTKSEMENERKRTMEVIQENNRRLQERNKVLIEGRFADFIELL
XP_057808014.1
MCRPLPSSGFSRFMFLFRRIFHYIFSPTLDCGLHRAAAPRSSRYCSGAAAPRSSRYCSGAAAPRRRNKLRSLPEDSPVHSSSSDDFVAILDAELDAASDSSDDSEAVAEEEESSEEDDDDRSDYLELGRAHEPQTKSEMENERKRTMEVIQENNRRLQERNKVLIEGRFADFIELL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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