Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000697

染色体: Chr04 坐标: 8136306-8136901 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000697
名称SmilChr04G000697
描述uncharacterized SmilChr04G000697
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向8136306 - 8136901 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022566
GeneID131022566
locus_tag-
NCBI NameLOC131022566
原始查询LOC131022566

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transmembrane protein (DUF962) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820062]; symbol=AT3G09085; hit=AT3G09085; species=arabidopsis; confidence=high
产物transmembrane protein (DUF962) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820062]; symbol=AT3G09085; hit=AT3G09085; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G09085 (AT3G09085)
transmembrane protein (DUF962) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820062]
identity=70; qcov=0.982; evalue=3.79e-56; confidence=high
RiceOs03g0265800
-
identity=59.6; qcov=0.929; evalue=1.64e-38; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF06127 (Mpo1-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022566

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057808059.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057808059.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057808059.1
4 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057808059.1
5 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.20000 XP_057808059.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808059.1
112 aa
N
1
56
112
Mpo1-like
C
PF06127 Mpo1-like 3-96 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808059.1 Pfam PF06127 Mpo1-like Family 3 96 2.3e-32 111.7 2-hydroxy-palmitic acid dioxygenase Mpo1-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952076.1
CAAATCCCCATTAATATAATCTCTTGCCGCAAAATACAAAATACTGACATCTGCACTTCAAATCACACCCCTCAACCAATCCTCGCCAATCGATAGCGATTCCGATCTGGTCTGAGTTGGAATTAGGCATGAATTTCAGGAGTATGGAAGAATTCTGGCCGTTCTACGTGAGCCAGCACTCGAAGGCGGCGACGCGGCGGTGGCATTTCGCAGGAACCCTTTGCAGTATTGTGTGCTTGATATACGCAGTGATGTTTAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022566
ATGAATTTCAGGAGTATGGAAGAATTCTGGCCGTTCTACGTGAGCCAGCACTCGAAGGCGGCGACGCGGCGGTGGCATTTCGCAGGAACCCTTTGCAGTATTGTGTGCTTGATATACGCAGTGATGTTTAATCTGTGGGTATTGATAGTGGTGCCGTTGATTGGTTACGGTTTGGCTTGGTATAGCCATTTCTTCGTGGAAGGGAATGTTCCTGCAACTTTTGGGCACCCCTTTTGGTCTCTGTTTTGCGATTACAAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808059.1
MNFRSMEEFWPFYVSQHSKAATRRWHFAGTLCSIVCLIYAVMFNLWVLIVVPLIGYGLAWYSHFFVEGNVPATFGHPFWSLFCDYKMFGLMLTGQMDREIKRLGKRPVLQPY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器