Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000698`

染色体: Chr04 坐标: 8141791-8145952 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000698`
名称	SmilChr04G000698
描述	probable anion transporter 3, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	8141791 - 8145952 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022568`
GeneID	`131022568`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022568`
原始查询	`LOC131022568`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable anion transporter 3, chloroplastic
产物	probable anion transporter 3%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G38060` (PHT4;2) phosphate transporter 4;2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818384] identity=67.6; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0451100` (OsPT23) probable anion transporter 2, chloroplastic [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4338960] identity=65.6; qcov=0.875; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005315 (phosphate transmembrane transporter activity); GO:0009536 (plastid); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022568

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057808061.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057808061.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808061.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808061.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808061.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:8142007`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B100
`Chr4:8142007`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B100
`Chr4:8142428`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:8142658`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,B48
`Chr4:8143111`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B134
`Chr4:8143222`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr4:8143530`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B120,B62
`Chr4:8145119`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr4:8145159`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B62,B9,C30,C72
`Chr4:8145229`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:8145246`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A13,C13
`Chr4:8145467`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808061.1

514 aa

257

514

MFS_1

Sugar_tr

PF07690 MFS_1 112-472 aa PF00083 Sugar_tr 132-274 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808061.1`	Pfam	`PF07690`	MFS_1	Family	112	472	6.9e-46	157.5	Major Facilitator Superfamily
`XP_057808061.1`	Pfam	`PF00083`	Sugar_tr	Family	132	274	7.2e-08	32.5	Sugar (and other) transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952078.1
GTCTTCGCTCAGTATTTGCTACAAAAAGGAAAAAACTATTTAATGCATAAAAAATGCTTATGAAAAGAAACCCCCCAAAAAATAAATAGTCGTTGAATGTCACGCCTCTACACTACAGAAAAATATGACCCCAAGATTTGTTAATTTATTTATATTTTCATTTTTTAGTTAAGGCAAAATATTAGTTGTGCGTAGTCTACTTCCAAGTTCCAAAGGTTTGGAGCTTACCAAACTCAAAATTCACCAACTCCCTTCTGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022568
ATGATGGCCGGCGTCGCGCCATTAAAGTCACAGGCACGGCCCGCTCTTTCGAGGCCCTCTCTCCGGCCCGCCATCCATTCGGGCCCGGTGGGCCTCGCGGCGTCTCGTTCGTTCCCGAATTCGCAAGTCAAGAAATGGCGCAGTTTGTCGTCGACGTGCGGCGGGAGATTGCAGGCGATTCCGTTGGAGTGGAAAAATGGGGCGGAGCGGAGGAGGGTCTGCGCTCCGGTGAGGTGCGCGGCGGAGGGGATAGAAAGGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808061.1
MMAGVAPLKSQARPALSRPSLRPAIHSGPVGLAASRSFPNSQVKKWRSLSSTCGGRLQAIPLEWKNGAERRRVCAPVRCAAEGIERGLFMGREESGFAAAERFKVVALVAAVMCLCNADRVVMSVAVVPLAAKYGWSTAFLGIVQSSFLWGYMFSSIIGGALVDKYGGKKVIAWGAAFWSLATLLTPWAANHSTNSLLAVRAFFGLAEGVALPAMNHLLSRWFPNHERATAVGLSMGGFQLGNVVGLVLAPLLMQSIGIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器