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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000707

染色体: Chr04 坐标: 8241816-8242905 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000707
名称SmilChr04G000707
描述uncharacterized SmilChr04G000707
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向8241816 - 8242905 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022573
GeneID131022573
locus_tag-
NCBI NameLOC131022573
原始查询LOC131022573

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF23622 (LRR_At1g61320_AtMIF1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022573

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057808063.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057808063.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057808063.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808063.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808063.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:8241865 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 96 A10,A13,A15,A19,A24,A25,A4,A5,B100,B101,B102,B104,B109,B11,B115,B119,B123,B127,B129,B13,B130,B131,B135,B136,B138,B14,B15,B2,B22,B26,B29,B3,B30,B33,B34,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B53,B56,B60,B61,B62,B68,B71,B78,B8,B81,B82,B83,B85,B87,B88,B89,B9,B91,B93,B96,B99,C10,C18,C21,C23,C26,C30,C32,C33,C38,C42,C47,C48,C55,C58,C61,C67,C68,C7,C72,C73,C74,C75,C78,C8,C80,C81,C82,C84,C85,C86,D10,D11,D6,D9
Chr4:8241881 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 17 A18,A20,B122,B140,B16,B41,B48,B50,B60,B99,C16,C19,C39,C54,C61,C62,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808063.1
162 aa
N
1
81
162
LRR_At1g61320_AtMIF1
C
PF23622 LRR_At1g61320_AtMIF1 14-113 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808063.1 Pfam PF23622 LRR_At1g61320_AtMIF1 Repeat 14 113 2.8e-07 31.0 At1g61320/AtMIF1, LRR domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952080.1
AGAGAGAGCGGGATATGTTGGGGTTGTCGGAATCTAACCATCTTCACATCCCTCAAAAGCTTGTGCCTGAAACATTTGCGAGTGAGTGGTGAAGATATCAAGCTGTTCCTGCGTGAGCTCCCGTCGTTGGAGCTATTGAGCATCTGCTGCGCGAATCTCACCTCTCATGTTGAGGTTTGTGGTGCAACTCTCGCGTTGAAGCACTTGGAGATACTCCACTGCAAGGGTGGGAAATCCGTGAAAGTTTCTGCTCCAAATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022573
ATGTCGCTTTTCTCGAATGTTGCCTTTCCTCGTATGCCTAACTTGGAGAGGTTAGTCCTTACATATACTGGAGTGCAGCATGTGTACAATGCCCTGCCATTAACTGCTTTATTATGGGCATTTCCTCTTCTTCAAGAATTCAAATTAGAGTTTGCAAATCGTGTGTCTTATTTTGAGACAGATATAAGGAATATTAAAAGATCTCGACACTATTGCCTCAAAGTGTTCGAGGTCAGAGGATTTTGTGGGGACTCTGGTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808063.1
MSLFSNVAFPRMPNLERLVLTYTGVQHVYNALPLTALLWAFPLLQEFKLEFANRVSYFETDIRNIKRSRHYCLKVFEVRGFCGDSGAHIELVKCISDNCLALQKIILDCRPIFPTTRASKVDLQMAKDYIKGKLQGKIYDDIKLFFVKYCCFICQFKPRFLS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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