Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000720`

染色体: Chr04 坐标: 8440758-8442945 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000720`
名称	SmilChr04G000720
描述	protein OCTOPUS-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	8440758 - 8442945 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022581`
GeneID	`131022581`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022581`
原始查询	`LOC131022581`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein OCTOPUS-like
产物	protein OCTOPUS-like
Arabidopsis	`AT3G09070` (OPS) LOW protein: UPF0503-like protein, putative (DUF740) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820060] identity=44.1; qcov=1.14; evalue=8.03e-122; confidence=medium
Rice	`Os01g0852400` - identity=38.3; qcov=1.15; evalue=5.46e-91; confidence=medium
GO	GO:0005886 (plasma membrane)
KEGG	-
Pfam	PF05340 (DUF740)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022581

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057808074.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057808074.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808074.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808074.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808074.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:8441026`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B108,B27,B35,C43
`Chr4:8441251`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr4:8441272`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B121,B70,B81,C65
`Chr4:8441276`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D9
`Chr4:8441276`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D9
`Chr4:8441393`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B9,C30,C72
`Chr4:8441443`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B48,B90,B92,C87
`Chr4:8441458`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B62,B9,C30,C72
`Chr4:8441485`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B62,B9,C30,C72
`Chr4:8441572`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,D10
`Chr4:8441578`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B62,B9,C30,C72
`Chr4:8442034`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B68,C80,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808074.1

605 aa

302

605

DUF740

PF05340 DUF740 14-580 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808074.1`	Pfam	`PF05340`	DUF740	Family	14	580	1.7e-213	711.6	Protein of unknown function (DUF740)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952091.1
TACTCTCCCTCTCTCTCCTCTTTAATTTGATTATTTCCTCTCCCCCTTCTCTTCCAACACTCCCACTCACATTCTTCCCGCTGAGTAGAACACAGCTCTCTCTCTCTAAAATAGACAGCGAATTAGCACACACATTGTGCAATGCAACGTTGGCAGTGACATGAGCGGGGGGTGCATTTCATTATTAATCACTCACTTATGAATACCACTTCTGCAGACCCAACTGCGCCCCCGCCTCCGCCGCCGCAGCAGCAGCCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022581
ATGAATACCACTTCTGCAGACCCAACTGCGCCCCCGCCTCCGCCGCCGCAGCAGCAGCCGCCGCGGTCCTCGTTCAGCTGCGACCGCCACCCCACCGAGCAGTTCACCGGATTCTGCCCCTCCTGCCTCTGCGAGCGCCTCACCACCCTCGACAACTCCTCCTCCAACACCCCCTCCTCCTCCCGCCGCCCTTCCTCCGCCTCCGCCGCAATCAAAGCCCTCTTCTCCTCCAGCTCCAAACCTCCCCCGCCCCCGAAACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808074.1
MNTTSADPTAPPPPPPQQQPPRSSFSCDRHPTEQFTGFCPSCLCERLTTLDNSSSNTPSSSRRPSSASAAIKALFSSSSKPPPPPKPSKSATSFLPELRRTKSFSASKNEALGLSLEPQRKSCDVRARSTLWTLFSLDEATKSGINHTKPTPAPASSSSNQNSKKIESCAVFEEIENVEDSIPLVDEEGDEIRPVQDSHLEGLRKSVELKLTSGEIVGEAPMKDHIDLNSQEKKSSGGKIWAAASVFSKKWNNWRRKQKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器