Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000723

染色体: Chr04 坐标: 8497533-8498611 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000723
名称SmilChr04G000723
描述uncharacterized SmilChr04G000723
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向8497533 - 8498611 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022584
GeneID131022584
locus_tag-
NCBI NameLOC131022584
原始查询LOC131022584

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述8-amino-7-oxononanoate synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820058]; symbol=AT3G09050; hit=AT3G09050; species=arabidopsis; confidence=high
产物8-amino-7-oxononanoate synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820058]; symbol=AT3G09050; hit=AT3G09050; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G09050 (AT3G09050)
8-amino-7-oxononanoate synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820058]
identity=59; qcov=0.967; evalue=2.15e-94; confidence=high
RiceOs01g0853000
-
identity=47.7; qcov=0.963; evalue=9.53e-73; confidence=high
GOGO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022584

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057808080.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057808080.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.80000 XP_057808080.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057808080.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808080.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:8497794 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,D10
Chr4:8497992 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B62,B9,C30,C72
Chr4:8498478 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B119,B18
Chr4:8498524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr4:8498553 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 41 A11,A15,A2,A4,A9,B103,B12,B133,B19,B24,B32,B34,B50,B54,B6,B70,B76,B78,B86,B95,C1,C11,C14,C17,C19,C20,C25,C31,C34,C35,C4,C45,C53,C60,C63,C69,C74,C83,C84,D1,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952097.1
ATTGGGAGGTCCAAAACATTCCCCACAATGCATATTTTGCCTGATCTCTCTCTCTCTCCACCCAACAATATACACACTATGATTTCTCTAAAAGCAGTCCAAACTGCCTTCACTCCCAACCATGGTCCCTTCCCTGAAAGAGATTCCTTGAGGAAGAGGAGGCCAAGCCTCTCCCTCTGCAAGTCCAAAGATTCAGATGATTCTGATCAAGAAATTCCACCAGAAGGAGACAAGCGCAAGCAGGACCTCCTTGTCAGGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022584
ATGCATATTTTGCCTGATCTCTCTCTCTCTCCACCCAACAATATACACACTATGATTTCTCTAAAAGCAGTCCAAACTGCCTTCACTCCCAACCATGGTCCCTTCCCTGAAAGAGATTCCTTGAGGAAGAGGAGGCCAAGCCTCTCCCTCTGCAAGTCCAAAGATTCAGATGATTCTGATCAAGAAATTCCACCAGAAGGAGACAAGCGCAAGCAGGACCTCCTTGTCAGGATTGCAATGCTTCAAACCCAAAAGGTTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808080.1
MHILPDLSLSPPNNIHTMISLKAVQTAFTPNHGPFPERDSLRKRRPSLSLCKSKDSDDSDQEIPPEGDKRKQDLLVRIAMLQTQKVRLTDYLDERSEYLTQFAEEANAEIDLIGENALKELDEAGARIMGNIESRMQAFEESMELNKVEIEESEKVVENFQGQIQKDRNEGLFFKNLGEKKPVDIAQAKEEAEKIKELTKKSAGSAIRRNIYLALMGLVVIGIADASVSSSPDWRKVAFLGVILAGLITQFFYEKSMLSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器