Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000742

染色体: Chr04 坐标: 9116065-9118911 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000742
名称SmilChr04G000742
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 5.5-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向9116065 - 9118911 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022596
GeneID131022596
locus_tag-
NCBI NameLOC131022596
原始查询LOC131022596

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 5.5-like
产物protein NRT1/ PTR FAMILY 5.5-like
ArabidopsisAT2G38100 (AT2G38100)
proton-dependent oligopeptide transport (POT) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818388]
identity=32.8; qcov=0.543; evalue=8.96e-31; confidence=low
RiceOs01g0871500
-
identity=26.4; qcov=1.07; evalue=4.5e-29; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022596

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057808088.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057808088.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057808088.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808088.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808088.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:9116266 C CGT 2bp_insertion frameshift_variant 67 A14,A19,A22,A7,B100,B101,B108,B112,B117,B121,B125,B126,B128,B132,B133,B134,B136,B18,B19,B25,B27,B28,B31,B35,B36,B38,B39,B40,B42,B43,B45,B47,B5,B55,B58,B65,B67,B7,B70,B71,B77,B80,B81,B82,B87,B93,B97,C15,C17,C20,C22,C31,C32,C4,C40,C41,C52,C58,C62,C65,C68,C78,C85,D6,D7,D8,D9
Chr4:9116300 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B57,C27,C55
Chr4:9116303 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,B65,B77
Chr4:9116345 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,B84
Chr4:9116367 A ACC 2bp_insertion frameshift_variant 2 B124,B79
Chr4:9116367 A ACC 2bp_insertion CDS_variant 2 B124,B79
Chr4:9116386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B35,B87,C13,D9
Chr4:9116402 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:9116423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B33,C33,C74
Chr4:9116432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr4:9116437 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 53 A11,A15,A2,A20,A8,A9,B10,B103,B12,B124,B133,B137,B16,B19,B28,B32,B34,B4,B46,B5,B50,B54,B55,B76,B77,B79,B86,B94,B95,C1,C12,C17,C19,C20,C25,C31,C34,C35,C37,C39,C4,C45,C46,C53,C54,C60,C63,C72,C74,C83,D1,D6,D8
Chr4:9116440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B33,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952106.1
GTTGTTTCCCTCATCTCTATATTGACCAATAACTGAGCAGCAGAACACAGTCAACAATGTGAACATATTTTTTTTTTAATATTTTAAGAAAAAACAAATCGAAAAATCAGGGCTTGAGCTGGTTCATAATGACCATCATATTGTTTTGTTTCATTCTCTCATTTCCTTCGGATTTCCCTTCGGTTTTACCTGGTTTGTCCCAAGTCAAACAGCAGCCAGTTGACTTCGTAATGTCGTGGTGGTTGCGGTGAGTTCAAACG...
XM_057952105.1
GTTGTTTCCCTCATCTCTATATTGACCAATAACTGAGCAGCAGAACACAGTCAACAATGTGAACATATTTTTTTTTTAATATTTTAAGAAAAAACAAATCGAAAAATCAGGGCTTGAGCTGGTTCATAATGACCATCATATTGTTTTGTTTCATTCTCTCATTTCCTTCGGATTTCCCTTCGGTTTTACCTGGTTTGTCCCAAGTCAAACAGCAGCCAGTTGACTTCGTAATGTCGTGGTGGTTGCGGTGAGTTCAAACG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131022596
ATGAAGAGCGCCGTCAGAATTTCTGCATTGCTGTGGGCTGACATATTAGTCCTCTACGCCTTGTTTGAGATGCAAGATTATCTCACCGAAGTTTGGGGGCTAAGTTTCACTCATGCTGCCGGAATCCTCAACATTTGGAATGGAATCTCTTTGGTTCTCCAACCCCTCTTCCTCTTCGCCGTCGGCACTTTTCTCGGAAACTTCGGCATGCTCGTAATCTCCAGCTCATCCTACACTCTGGGCATCTGGTTTTTGTTCAT...
LOC131022596
ATGAAGAGCGCCGTCAGAATTTCTGCATTGCTGTGGGCTGACATATTAGTCCTCTACGCCTTGTTTGAGATGCAAGATTATCTCACCGAAGTTTGGGGGCTAAGTTTCACTCATGCTGCCGGAATCCTCAACATTTGGAATGGAATCTCTTTGGTTCTCCAACCCCTCTTCCTCTTCGCCGTCGGCACTTTTCTCGGAAACTTCGGCATGCTCGTAATCTCCAGCTCATCCTACACTCTGGGCATCTGGTTTTTGTTCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057808088.1
MKSAVRISALLWADILVLYALFEMQDYLTEVWGLSFTHAAGILNIWNGISLVLQPLFLFAVGTFLGNFGMLVISSSSYTLGIWFLFMSAPPVLAGSTGTCKDYEQECIGTTQKALFYTGMVLITIGVAGNNVSVYSFLKQQPENKSSGAIIGCLRIPGMMMVAIVGLAGAIALPYIKPWTYRFGIPAVCTTIANISFLTGLCFCKYELPGPDRDRIANLGRMFSLRMFPMWVTFVICGVVSSTGNTYFVEQAKHLDRHLG...
XP_057808089.1
MKSAVRISALLWADILVLYALFEMQDYLTEVWGLSFTHAAGILNIWNGISLVLQPLFLFAVGTFLGNFGMLVISSSSYTLGIWFLFMSAPPVLAGSTGTCKDYEQECIGTTQKALFYTGMVLITIGVAGNNVSVYSFLKQQPENKSSGAIIGCLRIPGMMMVAIVGLAGAIALPYIKPWTYRFGIPAVCTTIANISFLTGLCFCKYELPGPDRDRIANLGRMFSLRMFPMWVTFVICGVVSSTGNTYFVEQAKHLDRHLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器