Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000777

染色体: Chr04 坐标: 9516582-9518625 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000777
名称SmilChr04G000777
描述uncharacterized SmilChr04G000777
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向9516582 - 9518625 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022625
GeneID131022625
locus_tag-
NCBI NameLOC131022625
原始查询LOC131022625

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007783]; symbol=AT1G47278; hit=AT1G47278; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007783]; symbol=AT1G47278; hit=AT1G47278; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G47278 (AT1G47278)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007783]
identity=57.9; qcov=0.938; evalue=2.61e-27; confidence=medium
RiceOs03g0276700
-
identity=54; qcov=0.938; evalue=4.19e-23; confidence=medium
GOGO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0032543 (mitochondrial translation)
KEGG-
PfamPF16860 (CX9C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022625

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057808113.1
2 Mitochondrion intermembrane space Mitochondrion intermembrane space 0.60000 XP_057808113.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.40000 XP_057808113.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808113.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808113.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:9517156 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 155 A1,A10,A13,A15,A16,A18,A19,A20,A21,A24,A25,A3,A4,A6,B100,B102,B104,B106,B107,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B115,B118,B12,B121,B122,B123,B124,B127,B129,B13,B130,B133,B134,B137,B138,B140,B16,B19,B2,B22,B23,B24,B25,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B35,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B50,B52,B53,B56,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B66,B69,B73,B74,B75,B76,B78,B8,B80,B81,B82,B83,B85,B86,B87,B9,B94,B96,B98,B99,C10,C12,C13,C14,C15,C16,C18,C2,C24,C25,C26,C28,C30,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C41,C42,C47,C48,C49,C50,C51,C52,C54,C55,C56,C57,C59,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C71,C72,C74,C75,C77,C79,C8,C80,C81,C82,C84,D1,D11,D3,D4,D5,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808113.1
81 aa
N
1
40
81
CX9C
C
PF16860 CX9C 19-56 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808113.1 Pfam PF16860 CX9C Domain 19 56 2.1e-07 31.4 CHCH-CHCH-like Cx9C, IMS import disulfide relay-system,

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952130.1
AGCCCAAGCTTTTTGGGCTAAATCAGCTCTTTGAATTTCCAATTTCTTTTTTGTTTGCGGGCTTTTTTACCCTTCACCTGCAAAAATCAGAAACCAAACTCCTCACCCTAAAGCAGAAACCTATCCACACGCCGCCGTCGAGGCGCCACTTCCAACCACCACCGCGGCGCCGCCGCCAGCTACCAATCTTCACTGTCTACCAGCTTTTTCCCGAACTCGCGCCGGAGTCCCCATCGAGGTGCCGCAACCTTCTGATTACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022625
ATGGGCAGACAAGCTTCTCAGCTGAAAATCAATCCAAAGAAATTTGGGAACCTTCAGAAACCTTGCATGAGAGAAATGATGCAGTTTCTCAGTTGTTTGGCTTTAACTCAAGGCGATGATAAAAGATGTAGCCGACAGAAGTCTTTGTTGAGCTCGTGCATGGATGCTCAGGCTACCAATACCAATAAGCGAAAACCTTGGGGCAGCATTAACTATCACCTTCAAAAGGGCAGGGTTAAGAAGTAA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808113.1
MGRQASQLKINPKKFGNLQKPCMREMMQFLSCLALTQGDDKRCSRQKSLLSSCMDAQATNTNKRKPWGSINYHLQKGRVKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器