当前解析结果
SmilChr04G000777| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000777 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000777 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000777 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 9516582 - 9518625 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022625 |
|---|---|
| GeneID | 131022625 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022625 |
| 原始查询 | LOC131022625 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007783]; symbol=AT1G47278; hit=AT1G47278; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007783]; symbol=AT1G47278; hit=AT1G47278; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT1G47278 (AT1G47278)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007783] identity=57.9; qcov=0.938; evalue=2.61e-27; confidence=medium |
| Rice | Os03g0276700- identity=54; qcov=0.938; evalue=4.19e-23; confidence=medium |
| GO | GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0032543 (mitochondrial translation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF16860 (CX9C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022625 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057808113.1 |
| 2 | Mitochondrion intermembrane space | Mitochondrion intermembrane space | 0.60000 | XP_057808113.1 |
| 3 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 0.40000 | XP_057808113.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808113.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808113.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:9517156 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 155 | A1,A10,A13,A15,A16,A18,A19,A20,A21,A24,A25,A3,A4,A6,B100,B102,B104,B106,B107,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B115,B118,B12,B121,B122,B123,B124,B127,B129,B13,B130,B133,B134,B137,B138,B140,B16,B19,B2,B22,B23,B24,B25,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B35,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B50,B52,B53,B56,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B66,B69,B73,B74,B75,B76,B78,B8,B80,B81,B82,B83,B85,B86,B87,B9,B94,B96,B98,B99,C10,C12,C13,C14,C15,C16,C18,C2,C24,C25,C26,C28,C30,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C41,C42,C47,C48,C49,C50,C51,C52,C54,C55,C56,C57,C59,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C71,C72,C74,C75,C77,C79,C8,C80,C81,C82,C84,D1,D11,D3,D4,D5,D7,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808113.1PF16860
CX9C 19-56 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808113.1 |
Pfam | PF16860 |
CX9C | Domain | 19 | 56 | 2.1e-07 | 31.4 | CHCH-CHCH-like Cx9C, IMS import disulfide relay-system, |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。