Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000786`

染色体: Chr04 坐标: 9676495-9678700 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000786`
名称	SmilChr04G000786
描述	cis-prenyltransferase 4, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	9676495 - 9678700 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022635`
GeneID	`131022635`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022635`
原始查询	`LOC131022635`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cis-prenyltransferase 4, chloroplastic-like
产物	cis-prenyltransferase 4%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT5G58770` (cPT4) Undecaprenyl pyrophosphate synthetase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835991] identity=62.9; qcov=0.674; evalue=2.72e-104; confidence=high
Rice	`Os01g0857200` - identity=57.3; qcov=0.701; evalue=4.25e-96; confidence=high
GO	GO:0002094 (GO:0002094); GO:0009409 (response to cold); GO:0009570 (chloroplast stroma); GO:0009668 (plastid membrane organization); GO:0016094 (polyprenol biosynthetic process)
KEGG	smil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01255 (Prenyltransf)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022635

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057808128.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057808128.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808128.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808128.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808128.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:9677208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C39,C75
`Chr4:9677310`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B103,B73,C77
`Chr4:9677442`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr4:9678012`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B2
`Chr4:9678012`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B2
`Chr4:9678189`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C39,C75
`Chr4:9678225`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C10,D6
`Chr4:9678230`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B38,B39,B72,C13
`Chr4:9678403`	`C`	`CCG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C75
`Chr4:9678403`	`C`	`CCG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C75
`Chr4:9678417`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	158	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A22,A23,A25,A4,A5,A6,A7,A8,B1,B10,B100,B101,B103,B104,B105,B106,B108,B109,B112,B117,B118,B119,B121,B123,B124,B125,B126,B128,B129,B13,B131,B132,B134,B135,B136,B138,B139,B14,B16,B19,B2,B20,B21,B22,B25,B27,B28,B3,B31,B34,B35,B36,B38,B39,B40,B42,B43,B44,B45,B48,B49,B5,B53,B54,B55,B57,B58,B6,B60,B62,B65,B66,B67,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B76,B79,B8,B80,B82,B83,B85,B86,B87,B89,B9,B93,B94,B97,B98,B99,C16,C17,C18,C19,C20,C22,C23,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C32,C39,C4,C41,C43,C44,C46,C47,C48,C49,C50,C51,C52,C54,C55,C58,C6,C60,C61,C62,C63,C68,C72,C75,C76,C78,C8,C80,C81,C82,C84,C85,C9,D11,D2,D3,D4,D5,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808128.1

344 aa

172

344

Prenyltransf

PF01255 Prenyltransf 121-343 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808128.1`	Pfam	`PF01255`	Prenyltransf	Family	121	343	3.5e-78	262.8	Putative undecaprenyl diphosphate synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952145.1
TACCTACCTTTTGTCATTATATTTACAAGGTCTATGGAAATTTTAATGCCTCAAAAAATGGATAATTTATTACTAGGCCAAAGGTTATTGTAAAGTAAAAAATAGTTAAACTACAAATATTTTAACTTATTTAAAATATGAAAAAGAAAAAGAAAAAAAGAAGACATAGTTGCCATCTTCATCGGCTGGCCACTCATTAATGGATCAGTTAAAACTCATAAAACTTCAAAAATCAGTGCCGCCTTCCAATTTTAGAAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022635
ATGGATCAGTTAAAACTCATAAAACTTCAAAAATCAGTGCCGCCTTCCAATTTTAGAAACCCTAAACTCCCGCCTTTCCAAAACCAACCGCGGCGGCAGCGAATGGCGTCTCTCCAACTCCGCCTCTCTTTCACCCCCTCGCCACTCAAGCTCCGGCAGCAGGTGCCGCGCCGCTCACTCGACCTCAAGCTGCCGCCGCGCGCGTTGTCTTCAGCCATCAAAGCCGCCACTGTAAACGGGCATCCCGGCGAGGACGCCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808128.1
MDQLKLIKLQKSVPPSNFRNPKLPPFQNQPRRQRMASLQLRLSFTPSPLKLRQQVPRRSLDLKLPPRALSSAIKAATVNGHPGEDALLKGTTAPAQFSGEDSVALPAGLRRESIPRHVAVIMDGNRRWARMRGFPVGSGYEAGVRALRRMVELCCKLGIKVLTVFAFSSDNWFRPKVEVDVLMALFDRGLREELQYLVSADVRISIMGDSSKLFNSLQALLANAMETTQNNSRLHLIVAVNYSGRSDVVQACQKLAVEVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器