当前解析结果
SmilChr04G000793| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000793 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000793 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase CPRD49-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 9800103 - 9803925 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022641 |
|---|---|
| GeneID | 131022641 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022641 |
| 原始查询 | LOC131022641 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase CPRD49-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase CPRD49-like |
| Arabidopsis | AT3G11210 (AT3G11210)SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820291] identity=58; qcov=0.898; evalue=5.13e-109; confidence=high |
| Rice | Os11g0708400 (OsGELP112)- identity=56.5; qcov=0.891; evalue=1.86e-110; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL); PF13472 (Lipase_GDSL_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022641 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057808134.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057808134.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057808134.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808134.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808134.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:9802406 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A1,B73,C37,C73,C77 |
Chr4:9802457 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C12 |
Chr4:9802457 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr4:9802980 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B123 |
Chr4:9802988 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B125,B90,B92,C87,D11 |
Chr4:9803438 |
C |
CT |
1bp_insertion | stop_gained,frameshift_variant | 8 | A1,A6,B74,C11,C28,C69,C80,D5 |
Chr4:9803472 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B112,B119,B18 |
Chr4:9803511 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr4:9803567 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C37 |
Chr4:9803668 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 90 | A11,A24,A3,A4,A5,A7,A9,B10,B101,B111,B113,B114,B120,B13,B132,B135,B136,B137,B139,B15,B17,B19,B2,B25,B26,B29,B34,B37,B41,B47,B5,B52,B54,B56,B57,B59,B6,B60,B62,B63,B64,B68,B69,B78,B85,B88,B89,B91,B93,B95,B96,C1,C10,C12,C17,C19,C21,C23,C3,C31,C35,C36,C37,C38,C41,C42,C45,C46,C47,C52,C53,C57,C58,C59,C60,C64,C66,C67,C70,C73,C74,C78,C8,C80,C82,C84,C86,C9,D3,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808134.1PF00657
Lipase_GDSL 10-203 aa
PF13472
Lipase_GDSL_2 11-197 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808134.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 10 | 203 | 1.9e-21 | 77.9 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
XP_057808134.1 |
Pfam | PF13472 |
Lipase_GDSL_2 | Domain | 11 | 197 | 4.8e-23 | 83.3 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。