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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000793

染色体: Chr04 坐标: 9800103-9803925 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000793
名称SmilChr04G000793
描述GDSL esterase/lipase CPRD49-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向9800103 - 9803925 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022641
GeneID131022641
locus_tag-
NCBI NameLOC131022641
原始查询LOC131022641

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase CPRD49-like
产物GDSL esterase/lipase CPRD49-like
ArabidopsisAT3G11210 (AT3G11210)
SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820291]
identity=58; qcov=0.898; evalue=5.13e-109; confidence=high
RiceOs11g0708400 (OsGELP112)
-
identity=56.5; qcov=0.891; evalue=1.86e-110; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL); PF13472 (Lipase_GDSL_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022641

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057808134.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808134.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057808134.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808134.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808134.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:9802406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B73,C37,C73,C77
Chr4:9802457 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C12
Chr4:9802457 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C12
Chr4:9802980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr4:9802988 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B90,B92,C87,D11
Chr4:9803438 C CT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 8 A1,A6,B74,C11,C28,C69,C80,D5
Chr4:9803472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B112,B119,B18
Chr4:9803511 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:9803567 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr4:9803668 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 90 A11,A24,A3,A4,A5,A7,A9,B10,B101,B111,B113,B114,B120,B13,B132,B135,B136,B137,B139,B15,B17,B19,B2,B25,B26,B29,B34,B37,B41,B47,B5,B52,B54,B56,B57,B59,B6,B60,B62,B63,B64,B68,B69,B78,B85,B88,B89,B91,B93,B95,B96,C1,C10,C12,C17,C19,C21,C23,C3,C31,C35,C36,C37,C38,C41,C42,C45,C46,C47,C52,C53,C57,C58,C59,C60,C64,C66,C67,C70,C73,C74,C78,C8,C80,C82,C84,C86,C9,D3,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808134.1
284 aa
N
1
142
284
Lipase_GDSL
Lipase_GDSL_2
C
PF00657 Lipase_GDSL 10-203 aa PF13472 Lipase_GDSL_2 11-197 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808134.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 10 203 1.9e-21 77.9 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase
XP_057808134.1 Pfam PF13472 Lipase_GDSL_2 Domain 11 197 4.8e-23 83.3 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952151.1
AATATGATTTTAGCTAGATCATGACGACAACATCTTTTTATCAATCAATTCTACTCTCACTTAAAATAAACACCCATAATAATATAAATACACTTTAAGATAACAATGGAATTCCGTTCTCCACTCATCTCTCAACTCAAACAACAAAAGAGAGAGAGAGAGAGATGGTGGGCCCCCGTCGACCGCAGTTCGTGTTGTTCGGTTCGTCCATCGTCCAGATTTCCTTCAAAGCCAGAGGCTGGGGATCAATCCTCGCTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022641
ATGGTGGGCCCCCGTCGACCGCAGTTCGTGTTGTTCGGTTCGTCCATCGTCCAGATTTCCTTCAAAGCCAGAGGCTGGGGATCAATCCTCGCTGATCTCTACGATAGAAAGGCAGACATAATACTACGTGGATATAGTGGATGGAATTCAAGGATGGCTGTTGAGGTTTTGAATCAGATTTTCCCACAGGATGCTGCTGTTCATCCTTCTCTGGTTATAACCTACTTTGGGGGCAACGATGCAATGAGGCCTCATCCAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808134.1
MVGPRRPQFVLFGSSIVQISFKARGWGSILADLYDRKADIILRGYSGWNSRMAVEVLNQIFPQDAAVHPSLVITYFGGNDAMRPHPSGVGPHVPLAEYVGNMKKIALHLRSLGEKLRMIFLTCPPVHEEMVVGYYGNMFDKQERSNEACRVYAEALVALCKEMDIEVINLWTAFQHRDDWGPAYLSDGIHLSDGGSRVVAKEILKVLRDAEWEPSLYWLSMAAEFSDNSPYYSVASDGETTVNVSDTIAEWKMEWMERSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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