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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000819

染色体: Chr04 坐标: 10278860-10282884 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000819
名称SmilChr04G000819
描述wall-associated receptor kinase 2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向10278860 - 10282884 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022662
GeneID131022662
locus_tag-
NCBI NameLOC131022662
原始查询LOC131022662

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述wall-associated receptor kinase 2-like
产物wall-associated receptor kinase 2-like
ArabidopsisAT1G21270 (WAK2)
wall-associated kinase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838723]
identity=45.4; qcov=0.913; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0598900 (OsWAK50)
-
identity=45; qcov=0.887; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway); GO:0030247 (polysaccharide binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07645 (EGF_CA); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13947 (GUB_WAK_bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022662

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057808163.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808163.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808163.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808163.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808163.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:10279046 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B58
Chr4:10279048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B89,C1,C10,C86
Chr4:10279077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B123,B13,B3
Chr4:10279094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr4:10279216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C79
Chr4:10279266 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B78
Chr4:10279266 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B78
Chr4:10279271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr4:10279343 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C56
Chr4:10279635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B2,B20,B89
Chr4:10279694 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:10279751 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B104,B115,B24,B48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808163.1
782 aa
N
1
391
782
GUB_WAK_bind
EGF_CA
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF13947 GUB_WAK_bind 46-81 aa PF07645 EGF_CA 307-345 aa PF00069 Pkinase 436-702 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 440-706 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808163.1 Pfam PF13947 GUB_WAK_bind Domain 46 81 4.2e-09 37.4 Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding
XP_057808163.1 Pfam PF07645 EGF_CA Domain 307 345 3.2e-10 40.8 Calcium-binding EGF domain
XP_057808163.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 436 702 1.8e-49 169.2 Protein kinase domain
XP_057808163.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 440 706 3.9e-49 168.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952180.1
ATTAACCCAAATTAATCACAAGACAACCTCTCAATTAATCATCTATATTGATCAGCTGCATACTTATTAGCAAAACACCCAACCTTTACCAGTTATAATCTCAACCATGCCGGAAACCATGCATCCACTCCTCCTCCTCACCCTAACCCTAACCCTAACAACCGTACTCGCCGCCACCAACTCCACCGCCGCCGCGGACACACACCGCATCTCAAAAGCCGCCACCATCACCAAGCCCGACTGCCCCGACAAATGCGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022662
ATGCCGGAAACCATGCATCCACTCCTCCTCCTCACCCTAACCCTAACCCTAACAACCGTACTCGCCGCCACCAACTCCACCGCCGCCGCGGACACACACCGCATCTCAAAAGCCGCCACCATCACCAAGCCCGACTGCCCCGACAAATGCGGCAACCTCACCGTACCCTTCCCCTTCGGCATCGGCGCCGACTCCGGCTGCGCCCTCAACCCCGACTTCGAGCTCAACTGCACCGAAGCCTTCGGCGCGCCACAGGCACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808163.1
MPETMHPLLLLTLTLTLTTVLAATNSTAAADTHRISKAATITKPDCPDKCGNLTVPFPFGIGADSGCALNPDFELNCTEAFGAPQALNGNIQFFDISDDHCRVSIAVARKCYDRSGSPTLENTASYDIKGTPYSYSTLNKFTVIGCDDFSLISGSGGRNFTSGCITLCSRAEDVISGSCSGIGCCQTALPRGFQYYTTAVNSLNNHTNISSFDTCSYAFFGEEDRFEFRGAADLSDPNFMQRVKDTVPVVLDWVIGNLSC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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