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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000848

染色体: Chr04 坐标: 10739342-10742141 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000848
名称SmilChr04G000848
描述BAG family molecular chaperone regulator 4-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向10739342 - 10742141 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022683
GeneID131022683
locus_tag-
NCBI NameLOC131022683
原始查询LOC131022683

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BAG family molecular chaperone regulator 4-like
产物BAG family molecular chaperone regulator 4-like
ArabidopsisAT3G51780 (BAG4)
BCL-2-associated athano 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824341]
identity=46.2; qcov=0.746; evalue=9.65e-53; confidence=high
RiceOs01g0831200 (OsBAG4)
-
identity=47.8; qcov=0.796; evalue=9.24e-50; confidence=medium
GOGO:0000774 (adenyl-nucleotide exchange factor activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0050821 (protein stabilization); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding)
KEGG-
PfamPF00240 (ubiquitin); PF02179 (BAG); PF18037 (Ubiquitin_5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022683

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057808178.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808178.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057808178.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808178.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808178.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:10739588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B83,C59
Chr4:10739604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,C51
Chr4:10739656 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B40,C62
Chr4:10739658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B40,C62
Chr4:10739670 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,C40,C7
Chr4:10739687 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 2 C40,C7
Chr4:10739687 T TC 1bp_insertion CDS_variant 2 C40,C7
Chr4:10739707 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,C40,C7
Chr4:10739708 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C40,C7
Chr4:10740448 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B79
Chr4:10740480 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr4:10740841 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808178.1
284 aa
N
1
142
284
ubiquitin
Ubiquitin_5
BAG
C
PF00240 ubiquitin 34-95 aa PF18037 Ubiquitin_5 49-96 aa PF02179 BAG 120-195 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808178.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 34 95 4e-10 40.0 Ubiquitin family
XP_057808178.1 Pfam PF18037 Ubiquitin_5 Domain 49 96 3.9e-06 27.7 NUB1 Ubiquitin-like domain
XP_057808178.1 Pfam PF02179 BAG Family 120 195 1.4e-19 71.1 BAG domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952195.1
TTTGAATAATTATATTTGCAAGGAAAAATTGTAGAAATCGAAAATTGCCCTACTTGGATCGGGCATTGGCGTACCTGATTTGGTACCCTAGGAAGTCATGGTCGTATTCTACTTGTAAATATCCGCAACCAACCGCCATTACCGTAATTCTAAGTTTCCGATGATGGAGAGCTTGAATCCGAGCTCCGTTAACGGTGTAATCGGCTTAGAATTGAAGCCCGAGACTGGGTCCGCTAATCTCAACGTCACAGTATCTCACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022683
ATGATGGAGAGCTTGAATCCGAGCTCCGTTAACGGTGTAATCGGCTTAGAATTGAAGCCCGAGACTGGGTCCGCTAATCTCAACGTCACAGTATCTCACGGTCCCAACCAACTTCAAGTCGCCGTGCCCTCTAATTCCACTTTTGGTGATCTCAAATCAGTTATTGCTCAAAAAATCGGACTGGAACCAGAGACCTACAAACTCTTGTTTAGAGGTAAAGAGAAAGACGATGGTGATCATCTCCAGGAAGCCGGTGTAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808178.1
MMESLNPSSVNGVIGLELKPETGSANLNVTVSHGPNQLQVAVPSNSTFGDLKSVIAQKIGLEPETYKLLFRGKEKDDGDHLQEAGVKDNSKVLVMEDTTPVQESPEKVETIVISRGDAAVAEVREEVDKLADQVAALQAVVDGGTTVDDKDFLYLTEMLMRQLLKLDGIEAEGEGRVKRKMEVRRVQSFVETVDTLKSRNANLDINNNGNGTTASVTPQCETFEPGSESVSTESIEPSSTAIFPSSDPNSTPASASTPIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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