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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000849

染色体: Chr04 坐标: 10742980-10745765 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000849
名称SmilChr04G000849
描述nudix hydrolase 15, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向10742980 - 10745765 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022685
GeneID131022685
locus_tag-
NCBI NameLOC131022685
原始查询LOC131022685

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nudix hydrolase 15, mitochondrial-like
产物nudix hydrolase 15%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G28960 (NUDX15)
nudix hydrolase homolog 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839773]
identity=55.7; qcov=0.787; evalue=1.71e-68; confidence=high
RiceOs08g0375900 (OJ1705_C03.104-1)
-
identity=58.1; qcov=0.813; evalue=7.27e-74; confidence=high
GOGO:0003986 (acetyl-CoA hydrolase activity); GO:0010945 (coenzyme A diphosphatase activity); GO:0015938 (coenzyme A catabolic process)
KEGG-
PfamPF00293 (NUDIX)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022685

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057808179.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057808179.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057808179.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808179.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808179.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:10743228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr4:10744797 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr4:10744804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C79
Chr4:10744816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B59,B63,B75,D6
Chr4:10744819 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr4:10744822 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B59,B63,B75,D6
Chr4:10745459 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B48
Chr4:10745517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808179.1
235 aa
N
1
118
235
NUDIX
C
PF00293 NUDIX 44-126 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808179.1 Pfam PF00293 NUDIX Domain 44 126 1.4e-12 48.4 NUDIX domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952196.1
GGGTTCATACTTTTTCAAGCCACGCCATATTCGCAACCCAAAAATTCCCTCCTCACAATCAAGAATCTTCAATCAAAATCACCATTTTTTTTATTCCAAACAACACAAGATTTCATTCTTCACCCTTTTTTCTATCTACAATGTGTCGCGACATAACTAGAAACCTACATCCACTTATCACTTTTCTTTATAAATGCTAGCAATTTTTGTTCGAAAATTAAGAAACATTATCGCCATGGATGAAGATCGCATCAAGGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022685
ATGCTAGCAATTTTTGTTCGAAAATTAAGAAACATTATCGCCATGGATGAAGATCGCATCAAGGAAAACTGCCCAATCAAACTCGACTCCTTCAATCCGAAGCCTTCAATGACGAAGGAAATGAGGAAGAAAAGAGCTGCGGTTTTGATATGCATTTTCAAAGGGAGAGAAGGCGAGCTCCGCGTGATTCTTACAAGAAGATCCATGAAGCTGTCGTCTCATCCAGGAGATGTAGCATTGCCCGGTGGAAAGATGGACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808179.1
MLAIFVRKLRNIIAMDEDRIKENCPIKLDSFNPKPSMTKEMRKKRAAVLICIFKGREGELRVILTRRSMKLSSHPGDVALPGGKMDECDADDAATALREATEEIGLDPNLVRVVADLEPFISSNLLRVVPVIGLLSRVEEFKPVLNADEVDAIFDAPLEMFLEEDGRHKCLEKEWEGWKYACHIFELASEKGNFVVGGLTASILIHAASIIYQRSPSFDQNLQDFSQLQWTLTKS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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