当前解析结果
SmilChr01G002002| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002002 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002002 |
| 描述 | succinate dehydrogenase subunit 6, mitochondrial |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 35528172 - 35530481 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022692 |
|---|---|
| GeneID | 131022692 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022692 |
| 原始查询 | LOC131022692 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | succinate dehydrogenase subunit 6, mitochondrial |
| 产物 | succinate dehydrogenase subunit 6%2C mitochondrial |
| Arabidopsis | AT1G08480 (SDH6)succinate dehydrogenase subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837369] identity=50.4; qcov=0.846; evalue=6.58e-38; confidence=medium |
| Rice | Os08g0112800 (SDH6)- identity=46; qcov=0.912; evalue=8.64e-34; confidence=medium |
| GO | GO:0005749 (GO:0005749) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF29034 (SDH6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022692 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057808193.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 1.00000 | XP_057808193.1 |
| 3 | Mitochondrion inner membrane | 线粒体内膜 | 0.80000 | XP_057808193.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057808193.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808193.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:35528424 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B139 |
Chr1:35528521 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B62,C13 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808193.1PF29034
SDH6 17-135 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808193.1 |
Pfam | PF29034 |
SDH6 | Family | 17 | 135 | 3.6e-52 | 177.0 | Succinate dehydrogenase subunit 6 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。