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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000971`

染色体: Chr04 坐标: 13035693-13038508 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000971`
名称	SmilChr04G000971
描述	U-box domain-containing protein 16
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	13035693 - 13038508 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022781`
GeneID	`131022781`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022781`
原始查询	`LOC131022781`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	U-box domain-containing protein 16
产物	U-box domain-containing protein 16
Arabidopsis	`AT5G01830` (SAUR21) ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831850] identity=59.1; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0476700` (OsPUB2) - identity=44.7; qcov=0.969; evalue=5.84e-176; confidence=medium
GO	GO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016567 (protein ubiquitination)
KEGG	-
Pfam	PF00514 (Arm); PF04564 (U-box); PF25368 (PUB10_N); PF25598 (ARM_PUB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022781

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057808289.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057808289.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057808289.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808289.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808289.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:13036485`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:13036568`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C2
`Chr4:13036568`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C2
`Chr4:13036702`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:13037367`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:13037776`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr4:13038124`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B29
`Chr4:13038124`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808289.1

679 aa

340

679

PUB10_N

U-box

ARM_PUB

Arm

PF25368 PUB10_N 52-159 aa PF04564 U-box 270-341 aa PF25598 ARM_PUB 363-650 aa PF00514 Arm 402-440 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808289.1`	Pfam	`PF25368`	PUB10_N	Domain	52	159	9.5e-09	36.7	PUB10-like, N-terminal domain
`XP_057808289.1`	Pfam	`PF04564`	U-box	Domain	270	341	3.6e-21	75.8	U-box domain
`XP_057808289.1`	Pfam	`PF25598`	ARM_PUB	Repeat	363	650	1.2e-13	51.8	Plant U-box protein ARM repeat region
`XP_057808289.1`	Pfam	`PF00514`	Arm	Repeat	402	440	2.6e-09	37.5	Armadillo/beta-catenin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952306.1
CGACTTACGGCGGCTCTTGTTTGGCACGGTCATTTTGAATTCCTCAAAGTTGTGTGTTAAATTTATCCTAACTAGGCTTTGTTGTCATCGAGTTAATTAGAGTCGTGCCAAACGTTCATGCCATCGTCTAAATTTTCGTCTCAATTATAGTAACACTATTTATTTAAATCATTTACTACCCAATCCACAAAAATAAAATTTATGGGTCAATTATTCAGCTGACTACCTAATTTGATTATATCTAATCCATTAATTAGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022781
ATGGCGGTGTCGGACGAGGCTTTTCCGGCGAGGAAACGGCGGCCATCGTTAGGGGCGTTTGTGTCGCCGAATTTGTCCGATCAAAAGCTTCTGCAGTCGCTGTTTGTTCTATCGCAAGAGGTTTCTTCGCTGCAGCCGCTGCGAATTCTTCTGAAGAAAAATTCTAGTTCGATTATCAGAAAATCGAGGCTGATTTCGGTCCTTTTTGAGGAACTTGTTCGGAATCCGGTGAATGTTTCTCCGCCGTCTGCGGCGCTGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808289.1
MAVSDEAFPARKRRPSLGAFVSPNLSDQKLLQSLFVLSQEVSSLQPLRILLKKNSSSIIRKSRLISVLFEELVRNPVNVSPPSAALCYEELYIVLQRMKVLLEDCSTCSRMWLLMQIPSISSSFHHLIIELSTLLDIFPARELNLSEDVDELLNLIKKQCSDTAADSVDAGDENLRAEVLKMLENIKREIVPDHSKLREIFERLNLCDSASCSNEIENLEDEVQNQDDDKSKADVIALIGLVRYAKCVLHGASTPRIATR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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