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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000003

染色体: Chr04 坐标: 63610-66577 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000003
名称SmilChr04G000003
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向63610 - 66577 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022811
GeneID131022811
locus_tag-
NCBI NameLOC131022811
原始查询LOC131022811

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G11290 (CRR22)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837671]
identity=63.3; qcov=0.999; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0112000
-
identity=59.2; qcov=0.885; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022811

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057808318.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057808318.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808318.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808318.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808318.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:63998 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:64852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C54
Chr4:65128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B31
Chr4:65484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr4:65495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,A2,B104,B85
Chr4:65629 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr4:65781 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B59,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808318.1
800 aa
N
1
400
800
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
TPR_24
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
Eplus_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 94-119 aa PF13812 PPR_3 94-139 aa PF01535 PPR 164-190 aa PF13041 PPR_2 191-234 aa PF01535 PPR 193-222 aa PF01535 PPR 266-291 aa PF13041 PPR_2 292-339 aa PF13812 PPR_3 293-330 aa PF01535 PPR 294-324 aa PF23276 TPR_24 296-387 aa PF13812 PPR_3 315-374 aa PF01535 PPR 367-390 aa PF13041 PPR_2 394-440 aa PF01535 PPR 395-424 aa PF01535 PPR 467-493 aa PF13041 PPR_2 495-541 aa PF01535 PPR 497-523 aa PF01535 PPR 531-558 aa PF01535 PPR 568-592 aa PF20431 E_motif 611-672 aa PF20430 Eplus_motif 678-705 aa PF14432 DYW_deaminase 709-800 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808318.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 94 119 1.7e-77 251.2 PPR repeat
XP_057808318.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 94 139 1.6e-35 121.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808318.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 164 190 1.7e-77 251.2 PPR repeat
XP_057808318.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 191 234 3.2e-78 258.4 PPR repeat family
XP_057808318.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 193 222 1.7e-77 251.2 PPR repeat
XP_057808318.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 266 291 1.7e-77 251.2 PPR repeat
XP_057808318.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 292 339 3.2e-78 258.4 PPR repeat family
XP_057808318.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 293 330 1.6e-35 121.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808318.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 294 324 1.7e-77 251.2 PPR repeat
XP_057808318.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 296 387 1.4e-19 71.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057808318.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 315 374 1.6e-35 121.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057808318.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 367 390 1.7e-77 251.2 PPR repeat
XP_057808318.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 394 440 3.2e-78 258.4 PPR repeat family
XP_057808318.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 395 424 1.7e-77 251.2 PPR repeat
XP_057808318.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 467 493 1.7e-77 251.2 PPR repeat
XP_057808318.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 495 541 3.2e-78 258.4 PPR repeat family
XP_057808318.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 497 523 1.7e-77 251.2 PPR repeat
XP_057808318.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 531 558 1.7e-77 251.2 PPR repeat
XP_057808318.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 568 592 1.7e-77 251.2 PPR repeat
XP_057808318.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 611 672 8.3e-19 68.3 E motif
XP_057808318.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 678 705 4.2e-06 27.1 E+ motif
XP_057808318.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 709 800 6.8e-39 132.3 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952335.1
TTTCAATTAAAAATAACTAGCTCATTAAGTATCTATTATTAAGTTATCTGTAGTGTATTGAATCTATTTAATGTATAAATATATGGTTTGTTTTTCTTAAAACAAGCTGTATGGATTGTCCAAAATATTTTTGATTCAATGGCTATTGCCACGAACGCTTGTGAAAATTTAGTCCCTAATGAGAATTCGTGACTCCGCCAAGAAGATACAAATACCGGAGTTGAGATGTGAGTTTCGATGTATTAATCCAATTGGATGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022811
ATGAGCTCGCTGCTACTGCCGCGCACAGCGCCGCCACCGCCATTCCTTTCAGCAAGGGTGTACATCCCTCCACATGTATACAAACACCCAGCCGCAATCCTCCTAGAGCTCTGCGCTTCCGTGAAAGAGCTCCACCAATTCCTCCCTCTCATCATCAAAAACGGCCTCTACAACGAGCACCTCTTCCAAACCAAGCTCGTCAGCCTCTTCTGCAAATTCGGCAGCATGACCGACGCCGCCAAAGTCTTCGACTCCATTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808318.1
MSSLLLPRTAPPPPFLSARVYIPPHVYKHPAAILLELCASVKELHQFLPLIIKNGLYNEHLFQTKLVSLFCKFGSMTDAAKVFDSIQTKVDPLYHTLLKGYAHHSNLDGAFNFFARMKHDAVEPVIYNYSYLLKACADNFDSRRGREIHAQLVLSGLSANLYAMTSLMNLYAKCGAVQDACKMFERMPVRDLVCWNTVIAGFAQNGMPKKALDLVVRMQEEGHSPDLVTVVSILPAIADLGDLRIGRSIHACVFRRGLES...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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