Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002028`

染色体: Chr01 坐标: 35845439-35847576 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002028`
名称	SmilChr01G002028
描述	cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At3g25290-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	35845439 - 35847576 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022819`
GeneID	`131022819`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022819`
原始查询	`LOC131022819`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At3g25290-like
产物	cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At3g25290-like
Arabidopsis	`AT3G25290` (AT3G25290) Auxin-responsive family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822123] identity=57.9; qcov=0.964; evalue=4.06e-150; confidence=high
Rice	`Os08g0524200` (OJ1191_A10.101) - identity=50.7; qcov=0.911; evalue=2.59e-123; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03188 (Cytochrom_B561); PF04526 (DUF568)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022819

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057808331.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808331.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808331.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808331.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057808331.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:35846175`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr1:35846189`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr1:35846195`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr1:35846603`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr1:35846753`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr1:35846762`	`GTC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B125,C41
`Chr1:35846762`	`GTC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B125,C41
`Chr1:35846766`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B125,C41
`Chr1:35846766`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B125,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808331.1

394 aa

197

394

DUF568

Cytochrom_B561

PF04526 DUF568 89-188 aa PF03188 Cytochrom_B561 209-333 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808331.1`	Pfam	`PF04526`	DUF568	Family	89	188	3.9e-33	114.9	Protein of unknown function (DUF568)
`XP_057808331.1`	Pfam	`PF03188`	Cytochrom_B561	Family	209	333	2.5e-06	28.5	Eukaryotic cytochrome b561

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952348.1
ATGTTCACTTTACATGGAGTATTATATTCTTCAATAAAAAACACAAAATATCCCCTCCACAATTCCTCCCCCAATTTAAACACGAACCCAAACACTACACTTTCAGAGTTTCACTCCACACACTCTCTCTCTCTAAAATTCACCCCCACCATTTTCACCTCTGCATTCTCCTCCACTAATGGCACCTCCACTCCTAACCGCACTCCTCCTTCTCCTCCTCGCCTCGCTAATACCAGCATCACAGTCGCAGGCGGCCACGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022819
ATGGCACCTCCACTCCTAACCGCACTCCTCCTTCTCCTCCTCGCCTCGCTAATACCAGCATCACAGTCGCAGGCGGCCACGTGTTTATCGCAGAGCTTCACGAGCAACAAGCGCTACACCTTCTGCAACGATCTCCCCTCCCTCAACGCCTATCTCCACTGGGACTTCAATGAGGCCCAATCCACCCTCTCCGTCGCCTTCATCGCCCCCCCGGCCCAGCCCGACGGCTGGATTTCCTGGGCCCTCAACCCCACCGCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808331.1
MAPPLLTALLLLLLASLIPASQSQAATCLSQSFTSNKRYTFCNDLPSLNAYLHWDFNEAQSTLSVAFIAPPAQPDGWISWALNPTASGMAGSQALIAFKQPDGKMAVKTYNITSYQPLKESKVWFDVKESSAESSGGTIKLFATVVLPEKGRTVLNHVWQVGSSVTGGVPDKHAFQPANLNSKGSLDLLKGQSTASAGGNSNLKKRNIHGVLNVVSWGIMFPTGIIIARYLKVFPSADPAWFYLHVSCQVSAYAIGVAGW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器