当前解析结果
SmilChr04G000019| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000019 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000019 |
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 239940 - 240680 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022830 |
|---|---|
| GeneID | 131022830 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022830 |
| 原始查询 | LOC131022830 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor 1-like |
| 产物 | ethylene-responsive transcription factor 1-like |
| Arabidopsis | AT2G44840 (ERF13)ethylene-responsive element binding factor 13 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819093] identity=67.4; qcov=0.517; evalue=2.86e-39; confidence=medium |
| Rice | Os02g0654700 (ERF91)- identity=51.3; qcov=0.669; evalue=4.25e-28; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009873 (ethylene-activated signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00847 (AP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022830 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057808340.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808340.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808340.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808340.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057808340.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:240083 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B46,D11 |
Chr4:240090 |
GAA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 40 | A15,A19,A21,B100,B101,B106,B109,B115,B121,B123,B127,B136,B14,B17,B20,B31,B33,B36,B51,B57,B64,B68,B71,B80,B87,B95,B99,C21,C27,C30,C35,C40,C46,C47,C48,C65,C68,C72,C74,C80 |
Chr4:240093 |
G |
GTA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 40 | A15,A19,A21,B100,B101,B106,B109,B115,B121,B123,B127,B136,B14,B17,B20,B31,B33,B36,B51,B57,B64,B68,B71,B80,B87,B95,B99,C21,C27,C30,C35,C40,C46,C47,C48,C65,C68,C72,C74,C80 |
Chr4:240115 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B113,B131,B93,C5 |
Chr4:240365 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B130,B139,B93,C60 |
Chr4:240414 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,B75,C70 |
Chr4:240494 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A9,B69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808340.1PF00847
AP2 67-117 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808340.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 67 | 117 | 6.8e-15 | 55.8 | AP2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。