Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000022

染色体: Chr04 坐标: 255651-258098 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000022
名称SmilChr04G000022
描述uncharacterized SmilChr04G000022
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向255651 - 258098 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022833
GeneID131022833
locus_tag-
NCBI NameLOC131022833
原始查询LOC131022833

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819094]; symbol=AT2G44850; hit=AT2G44850; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819094]; symbol=AT2G44850; hit=AT2G44850; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G44850 (AT2G44850)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819094]
identity=56.2; qcov=1.03; evalue=1.07e-119; confidence=high
RiceOs02g0655100
-
identity=42.1; qcov=1.05; evalue=4.29e-89; confidence=medium
GOGO:0005739 (mitochondrion)
KEGG-
PfamPF10561 (C2orf69)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022833

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057808344.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057808347.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808344.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808344.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808344.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:256571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr4:256583 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 61 A13,A14,A20,A7,A9,B1,B102,B108,B120,B13,B131,B136,B139,B15,B16,B17,B22,B26,B28,B30,B31,B33,B34,B42,B43,B50,B52,B53,B56,B66,B70,B71,B72,B73,B75,B77,B85,B89,B96,C11,C17,C20,C23,C30,C34,C38,C42,C43,C57,C59,C61,C62,C65,C69,C70,C75,C8,C9,D10,D11,D3
Chr4:256771 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B104,D10
Chr4:256955 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B28,B75,C70
Chr4:257098 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:257587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr4:257664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr4:257674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B139,B93,C60
Chr4:257810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr4:257847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B28,B75,C70
Chr4:257871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C21,C80
Chr4:257936 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808344.1
342 aa
N
1
171
342
C2orf69
C
PF10561 C2orf69 181-304 aa
XP_057808345.1
342 aa
N
1
171
342
C2orf69
C
PF10561 C2orf69 181-304 aa
XP_057808346.1
342 aa
N
1
171
342
C2orf69
C
PF10561 C2orf69 181-304 aa
XP_057808347.1
313 aa
N
1
156
313
C2orf69
C
PF10561 C2orf69 151-275 aa
XP_057808348.1
313 aa
N
1
156
313
C2orf69
C
PF10561 C2orf69 151-275 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808344.1 Pfam PF10561 C2orf69 Family 181 304 1.5e-12 48.1 C2orf69
XP_057808345.1 Pfam PF10561 C2orf69 Family 181 304 1.5e-12 48.1 C2orf69
XP_057808346.1 Pfam PF10561 C2orf69 Family 181 304 1.5e-12 48.1 C2orf69
XP_057808347.1 Pfam PF10561 C2orf69 Family 151 275 1.1e-12 48.6 C2orf69
XP_057808348.1 Pfam PF10561 C2orf69 Family 151 275 1.1e-12 48.6 C2orf69

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952365.1
ACATTTGCATTCCTGAGATTATAGTCGGATCTTACCCGACCCAGATTGCCCACTGTGTCTCTGGGAATTTTGATCAGGCTTCGTGAGGATTCTGATCGAGCTTTTGTGGTTCGTGAGAATTGATCAAATTCGGATTTTTTGATCGAGCTTCTGAGAAAATCATGGATCGTTGGAGTGGCATCTTGAAAATCCAGTTGCATCCAGGTACCAGTAGTTTCTACCGGGTTGCAGCATCCCTCGCCCTTTCCTCTTCTCCCAAA...
XM_057952361.1
TGAGATTATAGTCGGATCTTACCCGACCCAGATTGCCCACTGTGTCTCTGGGAATTTTGATCAGGCTTCGTGAGGATTCTGATCGAGCTTTTGTGGTTCGTGAGAATTGATCAAATTCGGATTTTTTGATCGAGCTTCTGAGACAGTTCTCTACGAAGTTGCTGTTGTGTTTGAATGGGGACTCGAGCATGGAATCATATTTCTTTGAATTGTCTCAAATTATACCATGATATCTTGGTGACATGCGATTCATGGAAAAT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131022833
ATGGGGACTCGAGCATGGAATCATATTTCTTTGAATTGTCTCAAATTATACCATGATATCTTGGTGACATGCGATTCATGGAAAATCATGGATCGTTGGAGTGGCATCTTGAAAATCCAGTTGCATCCAGGTACCAGTAGTTTCTACCGGGTTGCAGCATCCCTCGCCCTTTCCTCTTCTCCCAAAAGGCTTGCAGTACCTTCTGGAAATGCAATATTCTTTAGTGGAGATCGGGTGGAAGGCACGGGAAATCCAGTGAT...
LOC131022833
ATGGGGACTCGAGCATGGAATCATATTTCTTTGAATTGTCTCAAATTATACCATGATATCTTGGTGACATGCGATTCATGGAAAATCATGGATCGTTGGAGTGGCATCTTGAAAATCCAGTTGCATCCAGGTACCAGTAGTTTCTACCGGGTTGCAGCATCCCTCGCCCTTTCCTCTTCTCCCAAAAGGCTTGCAGTACCTTCTGGAAATGCAATATTCTTTAGTGGAGATCGGGTGGAAGGCACGGGAAATCCAGTGAT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057808344.1
MGTRAWNHISLNCLKLYHDILVTCDSWKIMDRWSGILKIQLHPGTSSFYRVAASLALSSSPKRLAVPSGNAIFFSGDRVEGTGNPVIERLSDPQKIAEILVSKFGGSINAFVVEAPIFNGPFAVYKDFIPSLNEYGEPKSYDATGFPASTSLVLLLSKFLAEAKNVILGKQKEPCLTEASSPSPCKPQTALFGFSKGGTVLNQLITEFAFFSESQSAVKEDDWIVPTSKELLFNSISEIHYVDVGLNAEGAYLTNSDAID...
XP_057808345.1
MGTRAWNHISLNCLKLYHDILVTCDSWKIMDRWSGILKIQLHPGTSSFYRVAASLALSSSPKRLAVPSGNAIFFSGDRVEGTGNPVIERLSDPQKIAEILVSKFGGSINAFVVEAPIFNGPFAVYKDFIPSLNEYGEPKSYDATGFPASTSLVLLLSKFLAEAKNVILGKQKEPCLTEASSPSPCKPQTALFGFSKGGTVLNQLITEFAFFSESQSAVKEDDWIVPTSKELLFNSISEIHYVDVGLNAEGAYLTNSDAID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器