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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002024

染色体: Chr01 坐标: 35793992-35794978 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002024
名称SmilChr01G002024
描述cysteine-rich repeat secretory protein 55-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向35793992 - 35794978 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022836
GeneID131022836
locus_tag-
NCBI NameLOC131022836
原始查询LOC131022836

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cysteine-rich repeat secretory protein 55-like
产物cysteine-rich repeat secretory protein 55-like
ArabidopsisAT5G48540 (AT5G48540)
receptor-like protein kinase-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834910]
identity=52.9; qcov=0.949; evalue=8.48e-85; confidence=high
RiceOs03g0277700
-
identity=42.7; qcov=0.992; evalue=5.53e-67; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF01657 (Stress-antifung)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022836

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057808356.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057808356.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057808356.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808356.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808356.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:35794404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,A3,C39,C71,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808356.1
257 aa
N
1
128
257
Stress-antifung
Stress-antifung
C
PF01657 Stress-antifung 29-117 aa PF01657 Stress-antifung 134-227 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808356.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 29 117 2e-36 125.3 Salt stress response/antifungal
XP_057808356.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 134 227 2e-36 125.3 Salt stress response/antifungal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952373.1
CTCCTCACATATCCATGTATACACATCTACACTACTATAAAAAGGCCAAGCCATGATGAGATTCTTCGACTGCAGCCATGAATCTCGCATCCATTCTGCTCCTCATCACCCTCTCTCTCTACATTCTCACAGCAGAATCTGCAGATCCTGCTGCAAATCTCTGCAACAATGACAGCAAAGCCAATGGCACCATATCAAGAAACATAGACACCTTACTGCCTAAACTAGTCTCCGGCACCATCCAGAATGGCTTCATCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022836
ATGAATCTCGCATCCATTCTGCTCCTCATCACCCTCTCTCTCTACATTCTCACAGCAGAATCTGCAGATCCTGCTGCAAATCTCTGCAACAATGACAGCAAAGCCAATGGCACCATATCAAGAAACATAGACACCTTACTGCCTAAACTAGTCTCCGGCACCATCCAGAATGGCTTCATCGCCACCTCCTACGGCGGAGTCTACGGGCTCGCCCAATGCAGAGGCGACGTCAGCAGCAGCGACTGCTCCTCGTGCATCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808356.1
MNLASILLLITLSLYILTAESADPAANLCNNDSKANGTISRNIDTLLPKLVSGTIQNGFIATSYGGVYGLAQCRGDVSSSDCSSCIQDAAKEIRTLCPNQADARIWYDYCFLRYSTQKFFGGVDTWGVYLYNTQNVSDPEVFNKKLASLMDVISKEAVRTSSRGLGRGKTDVSEFVRLYALVQCTRDLSQINCAQCLAIAVSNFATFCDNKRGCRVLYSSCYVRYELYPFFFPLDSHESLNSSSHQDKYERVMAVKN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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