Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000046`

染色体: Chr04 坐标: 422771-424229 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000046`
名称	SmilChr04G000046
描述	deoxypodophyllotoxin synthase-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	422771 - 424229 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022862`
GeneID	`131022862`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022862`
原始查询	`LOC131022862`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	deoxypodophyllotoxin synthase-like
产物	deoxypodophyllotoxin synthase-like
Arabidopsis	`AT1G52800` (AT1G52800) 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841713] identity=48.6; qcov=0.997; evalue=3.07e-112; confidence=high
Rice	`Os08g0417100` - identity=30.6; qcov=0.987; evalue=1.02e-46; confidence=low
GO	GO:0051213 (dioxygenase activity)
KEGG	-
Pfam	PF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022862

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808394.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057808394.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057808394.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808394.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057808394.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:422971`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:423515`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808394.1

318 aa

159

318

DIOX_N

2OG-FeII_Oxy

PF14226 DIOX_N 10-88 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 182-265 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808394.1`	Pfam	`PF14226`	DIOX_N	Family	10	88	2.8e-10	41.6	non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
`XP_057808394.1`	Pfam	`PF03171`	2OG-FeII_Oxy	Domain	182	265	5.4e-21	75.5	2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952411.1
AGCGCATACTGTATCAACTAAAGCACGACAAACGACAAACGAACGAAACCAAAGAGCAGTATAAATGCTAACCTTCCCACCAACGCATTATCTTCGAAGCATTGTAAAACTTTGATGGCTAGTTCTCAAGAACTTCCCAAAATTCCAGTCTTTGATCTCTCGACAAGAAACTTGAGTCCTAGTTCAAGTTCATGGCTTCCGACTTGCAAGAACTTGCGAGAAGCTCTTGAAGAGTTCGGATTTTTCTTGGCAAGATACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022862
ATGGCTAGTTCTCAAGAACTTCCCAAAATTCCAGTCTTTGATCTCTCGACAAGAAACTTGAGTCCTAGTTCAAGTTCATGGCTTCCGACTTGCAAGAACTTGCGAGAAGCTCTTGAAGAGTTCGGATTTTTCTTGGCAAGATACGACAACGTTTCACCTGAACTAGACAAGCAAGTGTTCCATGTATTGGAACACTTGTTTAATCTGCCATTTGAAACCAAATCTAGTAACACTTCTGAATTTGTTTTCTACGGTTATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808394.1
MASSQELPKIPVFDLSTRNLSPSSSSWLPTCKNLREALEEFGFFLARYDNVSPELDKQVFHVLEHLFNLPFETKSSNTSEFVFYGYVGQLPHAPVHESMGIPEATTLDAVQSFTNLMWPSGNMEFCENILCYARLVSEMEQLVDRMVFQSYGAEKHYDSHVGSTTYLLRIIKYSVPDLNAGSSNNMGTNSHTDKSFSSILHQNEVNGLEIQLRNGEWLDVDVPPGSFIVMAGDAYEAWSNGRIYAAKHRVIMKADKPRYC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器