Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000403`

染色体: Chr04 坐标: 4214646-4221226 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000403`
名称	SmilChr04G000403
描述	uncharacterized SmilChr04G000403
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	4214646 - 4221226 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022873`
GeneID	`131022873`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022873`
原始查询	`LOC131022873`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=44; qcov=0.143; evalue=2.61e-29; confidence=weak
Rice	`Os12g0142900` - identity=38; qcov=0.579; evalue=1.06e-116; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00098 (zf-CCHC); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022873

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808403.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057808403.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057808403.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808403.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808403.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:4214775`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:4214782`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138
`Chr4:4214794`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B4,B40,B8,C57
`Chr4:4214796`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B77,B91,D2,D3
`Chr4:4214798`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B136,C4
`Chr4:4214800`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18
`Chr4:4214801`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	B100,B11,B118,B135,B78,C3,C42,C59,C64,C84
`Chr4:4214813`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,A9,B136,B41,C4
`Chr4:4214815`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B136,D9
`Chr4:4214817`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B34,B92,C15
`Chr4:4214824`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B34,B92,C15,D3
`Chr4:4214834`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B80,C3,C75,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808403.1

877 aa

438

877

zf-CCHC

RVP_2

Asp_protease_2

gag-asp_proteas

PRO_PEG10-RTL1

RVT_1

RT_RNaseH_2

PF00098 zf-CCHC 156-171 aa PF08284 RVP_2 219-346 aa PF13650 Asp_protease_2 244-328 aa PF13975 gag-asp_proteas 246-330 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 249-346 aa PF00078 RVT_1 479-638 aa PF17919 RT_RNaseH_2 702-743 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808403.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	156	171	7.2e-05	23.4	Zinc knuckle
`XP_057808403.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	219	346	7e-28	97.9	Retroviral aspartyl protease
`XP_057808403.1`	Pfam	`PF13650`	Asp_protease_2	Domain	244	328	7.6e-08	33.7	Aspartyl protease
`XP_057808403.1`	Pfam	`PF13975`	gag-asp_proteas	Domain	246	330	1.2e-08	36.1	gag-polyprotein putative aspartyl protease
`XP_057808403.1`	Pfam	`PF30863`	PRO_PEG10-RTL1	Domain	249	346	5.5e-09	37.2	PEG10/RTL1 protease domain
`XP_057808403.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	479	638	7.8e-38	131.1	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057808403.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	702	743	1.3e-09	38.8	RNase H-like domain found in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952420.1
ATGACAGTCACCGAGTACGACATAATATTTTGTGACTTATCTCGTTACGCACTGACCCAAGTAGATACTGGTCAGAAAATGTCAGAGAAATTTTGCAGTGGGTTACGACCTGAGATTAGGATGACCTTAGCCGGTCATGATGGATTGACTTATACAGATGCGCTCAGTAGAGCATTGGATATAGAAGCCGCTATGCCAGCAGAAAGGGTAATACCTATACCAATGTTTATGCCAGCACCCCCACCGATGCAGTCTCAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022873
ATGACAGTCACCGAGTACGACATAATATTTTGTGACTTATCTCGTTACGCACTGACCCAAGTAGATACTGGTCAGAAAATGTCAGAGAAATTTTGCAGTGGGTTACGACCTGAGATTAGGATGACCTTAGCCGGTCATGATGGATTGACTTATACAGATGCGCTCAGTAGAGCATTGGATATAGAAGCCGCTATGCCAGCAGAAAGGGTAATACCTATACCAATGTTTATGCCAGCACCCCCACCGATGCAGTCTCAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808403.1
MTVTEYDIIFCDLSRYALTQVDTGQKMSEKFCSGLRPEIRMTLAGHDGLTYTDALSRALDIEAAMPAERVIPIPMFMPAPPPMQSQNFKGKRKWNDTGNNQPNKKIWQGQGQPQQQGLEKPFNFGPRENIQGQQKIPTCPKCNRVHPGVCKAGSDACYTCGQKGHFSKFCPTKQQGSGFRQNQPTRVQPLRAVQGYPQLQQQHQRQPPNPQHQQLIPQIRAYPLKQKQPEKTQGNLAGMGKLLDIPVIVLFDTGASHSFI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器