当前解析结果
SmilChr04G000432| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000432 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000432 |
| 描述 | NAC domain-containing protein 68-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 4597739 - 4598868 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131022881 |
|---|---|
| GeneID | 131022881 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022881 |
| 原始查询 | LOC131022881 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAC domain-containing protein 68-like |
| 产物 | NAC domain-containing protein 68-like |
| Arabidopsis | AT4G27410 (RD26)NAC (No Apical Meristem) domain transcriptional regulator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828849] identity=44.8; qcov=0.479; evalue=1.63e-29; confidence=medium |
| Rice | Os01g0816100 (OsNAC4)- identity=42.9; qcov=0.563; evalue=7.48e-30; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022881 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057808408.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808408.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808408.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808408.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057808408.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:4597921 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:4598117 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B66,C79 |
Chr4:4598217 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B109,B137,C63,D6 |
Chr4:4598721 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B90 |
Chr4:4598817 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 77 | A13,A24,A4,A9,B10,B102,B103,B106,B107,B109,B114,B118,B12,B121,B125,B127,B13,B130,B139,B17,B19,B28,B33,B34,B35,B4,B44,B45,B52,B55,B64,B70,B73,B77,B78,B8,B81,B83,B87,B93,B94,C1,C13,C16,C19,C24,C31,C33,C34,C35,C37,C39,C41,C42,C45,C46,C5,C51,C53,C56,C6,C72,C73,C74,C78,C79,C8,C80,C83,C86,C87,C9,D1,D5,D6,D8,D9 |
Chr4:4598841 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808408.1PF02365
NAM 23-145 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808408.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 23 | 145 | 1.1e-30 | 107.4 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。