当前解析结果
SmilChr04G000497| 统一新 Gene ID | SmilChr04G000497 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G000497 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G000497 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 5422966 - 5431872 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022894 |
|---|---|
| GeneID | 131022894 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022894 |
| 原始查询 | LOC131022894 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os01g0152500; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os01g0152500; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os01g0152500- identity=23; qcov=0.725; evalue=2.2e-09; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF29561 (DUF8566) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022894 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057808420.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808420.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057808420.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057808420.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057808420.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:5423028 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B58 |
Chr4:5423049 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B133,B95,C32,C68 |
Chr4:5423075 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B83 |
Chr4:5430042 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B102,B67,C60,C77,D8 |
Chr4:5430087 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B120,B23,B62 |
Chr4:5430089 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C69 |
Chr4:5430128 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr4:5430138 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B120,B127,B45,B55,B62 |
Chr4:5430167 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B23 |
Chr4:5430178 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B7,B96,C87 |
Chr4:5430182 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C14,C29,C48 |
Chr4:5430315 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B29,B53 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808420.1PF29561
DUF8566 100-301 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808420.1 |
Pfam | PF29561 |
DUF8566 | Domain | 100 | 301 | 1.7e-48 | 165.8 | Domain of unknown function (DUF8566) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。