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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000497

染色体: Chr04 坐标: 5422966-5431872 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000497
名称SmilChr04G000497
描述uncharacterized SmilChr04G000497
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向5422966 - 5431872 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022894
GeneID131022894
locus_tag-
NCBI NameLOC131022894
原始查询LOC131022894

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0152500; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os01g0152500; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs01g0152500
-
identity=23; qcov=0.725; evalue=2.2e-09; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF29561 (DUF8566)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022894

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808420.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808420.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808420.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808420.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808420.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:5423028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr4:5423049 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B133,B95,C32,C68
Chr4:5423075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr4:5430042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B67,C60,C77,D8
Chr4:5430087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B23,B62
Chr4:5430089 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr4:5430128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr4:5430138 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B127,B45,B55,B62
Chr4:5430167 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr4:5430178 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B7,B96,C87
Chr4:5430182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C14,C29,C48
Chr4:5430315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B29,B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808420.1
408 aa
N
1
204
408
DUF8566
C
PF29561 DUF8566 100-301 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057808420.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 100 301 1.7e-48 165.8 Domain of unknown function (DUF8566)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952437.1
ATGGGTTCGGCAAAAGGCAAAGAAAAGGCTTTAGATGATGGTACAAAGGCTCAAACAGGCAAGAAAAGGCAGAAAGGCGAAGGATCGTCATCTACTCGTGCATCAAAGAAGAAAAAAACCGGCAAATCATCGGGATTGAAAAATGTGGAAGATCAGTCCATGTCAAATGAATCAAAGAGAAAGAGGGGCAAAAAAAAGGTTTTTGCAAATCCAGAGAATGTCAAATGTAGAAGACGCGTTCTGCAGAGCAAGAATGGTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022894
ATGGGTTCGGCAAAAGGCAAAGAAAAGGCTTTAGATGATGGTACAAAGGCTCAAACAGGCAAGAAAAGGCAGAAAGGCGAAGGATCGTCATCTACTCGTGCATCAAAGAAGAAAAAAACCGGCAAATCATCGGGATTGAAAAATGTGGAAGATCAGTCCATGTCAAATGAATCAAAGAGAAAGAGGGGCAAAAAAAAGGTTTTTGCAAATCCAGAGAATGTCAAATGTAGAAGACGCGTTCTGCAGAGCAAGAATGGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808420.1
MGSAKGKEKALDDGTKAQTGKKRQKGEGSSSTRASKKKKTGKSSGLKNVEDQSMSNESKRKRGKKKVFANPENVKCRRRVLQSKNGVQPKEKADHPQLKTRTTTRAFFKKLAELNDAQKAAVRDIGFGQILGFNVNRVPSKMAYWVLDRFNNRNCTLEIDNLTKVQIEKDDVYRVYGFPKGKKIIKEFERTAVNELFIEWMSFFGVVNRDKIKIKAVLLHMIDCADGGTWFKRHFVIALCFSLMESCTNGTVHPYVFTAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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