Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000513`

染色体: Chr04 坐标: 5634144-5635394 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000513`
名称	SmilChr04G000513
描述	uncharacterized SmilChr04G000513
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	5634144 - 5635394 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022897`
GeneID	`131022897`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022897`
原始查询	`LOC131022897`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=35.8; qcov=0.423; evalue=1.76e-26; confidence=low
GO	GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF19259 (Ty3_capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022897

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057808422.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057808422.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057808422.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057808422.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057808422.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:5634157`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,C20,C27,C36
`Chr4:5634244`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr4:5634279`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,A23,B61,C63
`Chr4:5634286`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C66
`Chr4:5634290`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr4:5634312`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr4:5634352`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,A25,B30,B54,B62
`Chr4:5634353`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,A24,B117,C36
`Chr4:5634376`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,A24,B117,C36
`Chr4:5634384`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B132,B61
`Chr4:5634462`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,A25,B30,C45
`Chr4:5634465`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808422.1

416 aa

208

416

PEG10_N-capsid

Ty3_capsid

RVP_2

PF03732 PEG10_N-capsid 76-155 aa PF19259 Ty3_capsid 76-234 aa PF08284 RVP_2 349-415 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808422.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	76	155	2.4e-14	54.1	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057808422.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	76	234	2.1e-08	34.6	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057808422.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	349	415	5.9e-14	52.8	Retroviral aspartyl protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952439.1
ATGAGGAATACGCGTGCACATTCCCACAACGCCGAGAACTCAAATACCAATAACGAAGCAGAAGCAGGACAACCTCATCCAACTAATGGAGGAGATTTCATGGGTCAATTTCTGAGTGCTTTACAGGGTTTTGTCCAACAGCAGACCCAAACTCAGGCTACGCAACGTGACCTAAACCAGACCTCTAACACTATAGATCAAGCGGTAGAGCGATTTCGAAACTATAATCCGCCACGATTCAATGGGCGCGATGGACCACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022897
ATGAGGAATACGCGTGCACATTCCCACAACGCCGAGAACTCAAATACCAATAACGAAGCAGAAGCAGGACAACCTCATCCAACTAATGGAGGAGATTTCATGGGTCAATTTCTGAGTGCTTTACAGGGTTTTGTCCAACAGCAGACCCAAACTCAGGCTACGCAACGTGACCTAAACCAGACCTCTAACACTATAGATCAAGCGGTAGAGCGATTTCGAAACTATAATCCGCCACGATTCAATGGGCGCGATGGACCACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808422.1
MRNTRAHSHNAENSNTNNEAEAGQPHPTNGGDFMGQFLSALQGFVQQQTQTQATQRDLNQTSNTIDQAVERFRNYNPPRFNGRDGPLAAEEWLEELERIFTHINCTEEQKVSCAIFQLKEDARQWWKHFYRLLAEEDRNVLNWKIFKDVVMDKYFPLSFREKKETEFFELKQGNMTIEEYERKFNELGRFAPHLVDTEDKMIARFRKGLRTDIKGIMAAHVIEDFSDLVKRAEEVATALGSNIPAQKPANQPMKRKWENY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器