Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000597`

染色体: Chr04 坐标: 6715491-6719322 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000597`
名称	SmilChr04G000597
描述	uncharacterized SmilChr04G000597
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	6715491 - 6719322 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022910`
GeneID	`131022910`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022910`
原始查询	`LOC131022910`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022910

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057808434.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.80000	`XP_057808434.1`
3	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057808434.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057808434.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808434.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:6718309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C84,D4
`Chr4:6718311`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr4:6718337`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,C79
`Chr4:6718535`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B108,B17,B33,C45
`Chr4:6718566`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr4:6718583`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr4:6718606`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B136,B85,B93,C10,C24
`Chr4:6718620`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B108,B17,B33,C45
`Chr4:6718636`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	B107,B130,B35,B54,B8,C53,C83,C87
`Chr4:6718638`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	B107,B130,B35,B54,B8,C53,C83,C87
`Chr4:6718672`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr4:6718690`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C22,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952451.1
TCGAGTGTTCAACAATTAAAATGTTGTGCATTAAAAAAAAAACAATTAATATGTTGTCTCAAAGTGGGCAAATAACATTGTGGTGAGAGCATAAATTGTAATATCCAGAAACTCACAAAATCGATATAAAAAATAAAATTTGGTACAAAAATAAGGGAAAATGTGTAGATCCACCCTTATAGTAGAGGCCGCTATAGCTTATTGCTCTCCATATTCGATATTGGATCAAATAGGCCCCCGAAATCTTAAAAATCAATCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022910
ATGGATGCCAGTAAACAGTCGTTGTTGCCTTATTCGTTCAAGTCGAATAAGCTTTTGAGCTCGCCTGCGCCGTCGGATCGGAAGGTTTCTGATTCGAACCCGGACCCGCTGATCGTGAAGACCCCCGGGAAGCCGACAAACCAACTGCGGAGACTGCACAACCGCAGCATGGCTTTGTCGATTTCGGATGCCAGAAAACTGGCGATGAAGCTCCAGAAACGGGGATCCGATCCGCCTGCGAGAATCGATGCAGTTTCGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808434.1
MDASKQSLLPYSFKSNKLLSSPAPSDRKVSDSNPDPLIVKTPGKPTNQLRRLHNRSMALSISDARKLAMKLQKRGSDPPARIDAVSILEEEEIAKLKKPDAAYIELPTKYERLMVGRGVADAGGRALVFANLLTRRKYKLPKQD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器