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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000618

染色体: Chr04 坐标: 6991094-6991486 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000618
名称SmilChr04G000618
描述uncharacterized SmilChr04G000618
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向6991094 - 6991486 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022913
GeneID131022913
locus_tag-
NCBI NameLOC131022913
原始查询LOC131022913

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022913

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808438.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057808438.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057808438.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808438.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808438.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:6991108 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 157 A1,A13,A14,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A25,A3,A4,A5,A7,A8,A9,B101,B107,B108,B109,B115,B118,B119,B12,B121,B123,B124,B125,B127,B129,B13,B130,B132,B133,B135,B137,B138,B14,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B21,B23,B24,B25,B27,B3,B32,B34,B35,B37,B38,B39,B41,B42,B43,B44,B46,B5,B51,B52,B53,B54,B57,B58,B59,B6,B61,B62,B63,B64,B66,B67,B68,B7,B70,B72,B75,B76,B77,B78,B8,B80,B81,B82,B85,B86,B89,B90,B91,B92,B93,B94,B97,B99,C10,C11,C13,C14,C18,C19,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C37,C39,C4,C42,C43,C46,C47,C49,C50,C51,C53,C55,C59,C6,C61,C62,C63,C65,C67,C69,C70,C71,C73,C74,C75,C77,C78,C8,C83,C84,C85,C87,C9,D11,D2,D4,D6,D7,D8,D9
Chr4:6991121 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 48 A1,A19,A9,B110,B111,B112,B114,B127,B133,B135,B139,B14,B15,B27,B39,B41,B44,B45,B49,B51,B66,B71,B72,B74,B77,B79,B89,B90,B99,C10,C12,C21,C26,C29,C37,C40,C45,C6,C63,C71,C72,C73,C74,C76,C80,C84,C87,D2
Chr4:6991129 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 65 A1,A4,B10,B102,B103,B104,B110,B111,B112,B113,B126,B127,B128,B13,B133,B134,B137,B14,B22,B27,B29,B33,B35,B37,B39,B41,B44,B50,B51,B61,B64,B66,B70,B79,B8,B81,B83,B87,B88,B89,B9,B95,B99,C10,C12,C15,C18,C24,C26,C29,C31,C37,C40,C45,C49,C51,C54,C59,C6,C60,C74,C87,D2,D6,D9
Chr4:6991136 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 22 A1,B112,B127,B133,B14,B27,B32,B39,B41,B44,B51,B66,B89,B99,C10,C26,C29,C37,C6,C74,C87,D2
Chr4:6991147 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B136
Chr4:6991153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B136
Chr4:6991166 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:6991169 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 7 A3,B115,B131,B78,C18,C2,C35
Chr4:6991220 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D10
Chr4:6991220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:6991229 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 47 A15,A25,A9,B110,B111,B114,B115,B120,B124,B135,B139,B14,B19,B24,B26,B45,B53,B6,B60,B71,B72,B74,B77,B79,B8,B87,B88,B89,C21,C30,C33,C37,C44,C45,C52,C60,C63,C67,C72,C73,C8,C82,C84,C85,C86,D1,D3
Chr4:6991231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B34,C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952455.1
ATGAATTATGAATGGGATGCTGCTGGGCAAGAGAGGAAACTCCAAATGCAGGAGTTAGAGGAAATAACGCGTGAAGCCTATGACAATGCTACTCTTTACAAGGAGAGATTGAAGAGAACACATGACCAGCTTATCCAGGTCAAGACGTTTGAACATGGGCAGAAGGTTCTACTTTACCAATCGAGGTTCAAACTCATGTCCGAAAAGATTTCAAGCAAATGGATTGGGCCTTATGAAGTGCTAGCCCAATATCCAAATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022913
ATGAATTATGAATGGGATGCTGCTGGGCAAGAGAGGAAACTCCAAATGCAGGAGTTAGAGGAAATAACGCGTGAAGCCTATGACAATGCTACTCTTTACAAGGAGAGATTGAAGAGAACACATGACCAGCTTATCCAGGTCAAGACGTTTGAACATGGGCAGAAGGTTCTACTTTACCAATCGAGGTTCAAACTCATGTCCGAAAAGATTTCAAGCAAATGGATTGGGCCTTATGAAGTGCTAGCCCAATATCCAAATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808438.1
MNYEWDAAGQERKLQMQELEEITREAYDNATLYKERLKRTHDQLIQVKTFEHGQKVLLYQSRFKLMSEKISSKWIGPYEVLAQYPNGAVEIKDYKFGGIFKVNGQRLKAYYGQETEDDPDSLKLQGQEPN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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