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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000620

染色体: Chr04 坐标: 7028229-7029029 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000620
名称SmilChr04G000620
描述uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向7028229 - 7029029 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022914
GeneID131022914
locus_tag-
NCBI NameLOC131022914
原始查询LOC131022914

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT4G23160 (CRK8)
cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]
identity=34.8; qcov=0.929; evalue=8.53e-48; confidence=low
RiceOs08g0125300
-
identity=38.4; qcov=0.97; evalue=2.81e-57; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022914

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057808439.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057808439.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808439.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808439.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808439.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:7028235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B52,B67
Chr4:7028237 GCT G 2bp_deletion frameshift_variant 10 A11,A8,B115,B129,B29,B39,B75,B86,C49,D6
Chr4:7028239 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 143 A1,A10,A13,A14,A2,A20,A21,A22,A23,A8,B1,B100,B103,B107,B111,B112,B114,B115,B117,B118,B122,B125,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B16,B18,B19,B2,B21,B22,B23,B25,B26,B28,B3,B34,B36,B38,B4,B40,B41,B42,B43,B45,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B59,B6,B61,B64,B66,B70,B71,B72,B74,B75,B79,B80,B81,B82,B83,B87,B88,B89,B90,B92,B93,B95,B96,B97,B99,C1,C11,C13,C15,C16,C17,C2,C20,C21,C24,C27,C28,C3,C30,C31,C35,C36,C38,C41,C42,C43,C45,C47,C48,C5,C51,C53,C54,C55,C56,C59,C6,C61,C62,C63,C67,C69,C7,C74,C76,C77,C78,C80,C82,C84,C85,C86,C87,D1,D10,D2,D3,D5,D6,D7,D9
Chr4:7028246 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 3 C36,C52,D3
Chr4:7028246 TC T 1bp_deletion CDS_variant 3 C36,C52,D3
Chr4:7028276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B36,B79,B83,C3,C35
Chr4:7028296 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr4:7028298 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 6 B101,B22,B36,B4,C19,C60
Chr4:7028301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B108,B115,B86
Chr4:7028306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,C16,C50,D2
Chr4:7028315 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,B36,B83
Chr4:7028317 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B103,B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952456.1
ATGTGCAAGAAGTTTGCTGAAATTATGACGAATAAATTCCAGATGTCAATGATGGGAGAAATGAATTTCTTTCTGGGATTACAAGTGAAGCAGACCAAGGAAGAAATACTGATCAATCATTCAAAATATGCCAAGGAACTAATCAACAAGTTTAGCATTCAACACATGACGTCAGTAAAGATTCCAATGAACACCAATTGGAAGGTGGATCCAGGAACTGAAGGAAAATCTGTATCATCAACTAAGTACAAAGAAATCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022914
ATGTGCAAGAAGTTTGCTGAAATTATGACGAATAAATTCCAGATGTCAATGATGGGAGAAATGAATTTCTTTCTGGGATTACAAGTGAAGCAGACCAAGGAAGAAATACTGATCAATCATTCAAAATATGCCAAGGAACTAATCAACAAGTTTAGCATTCAACACATGACGTCAGTAAAGATTCCAATGAACACCAATTGGAAGGTGGATCCAGGAACTGAAGGAAAATCTGTATCATCAACTAAGTACAAAGAAATCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808439.1
MCKKFAEIMTNKFQMSMMGEMNFFLGLQVKQTKEEILINHSKYAKELINKFSIQHMTSVKIPMNTNWKVDPGTEGKSVSSTKYKEIIGSLLYLTASRPDIAFAVGVCARYQSDPKEPHMDAAKRILRYLKGTPDIGLWYPADENFKLSGYSVSDFAGCKIDRKSTSGTCQFLGDKLISWFSKKQTSVATSKTEAEHVATGSCCSQILWLVQQFKDYMIEEREVPIYCDNSSAIAISQNPVHHTRCKHVEVRHHFIRDHVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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