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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G000651

染色体: Chr04 坐标: 7360383-7361896 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G000651
名称SmilChr04G000651
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向7360383 - 7361896 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131022924
GeneID131022924
locus_tag-
NCBI NameLOC131022924
原始查询LOC131022924

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
ArabidopsisAT4G38180 (FRS5)
FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974]
identity=33; qcov=0.56; evalue=1.48e-29; confidence=low
RiceOs07g0563600 (OJ1720_F04.111)
-
identity=34.8; qcov=0.716; evalue=1.43e-45; confidence=low
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131022924

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057808447.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057808447.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057808447.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057808447.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057808447.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:7360442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B27
Chr4:7360443 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 5 A6,B91,C28,C80,D5
Chr4:7360443 G GA 1bp_insertion CDS_variant 5 A6,B91,C28,C80,D5
Chr4:7360465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,C3
Chr4:7360483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B113,C16
Chr4:7360511 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B28,B5,C2,C3
Chr4:7360593 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr4:7360650 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:7360663 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr4:7360680 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 47 A10,A16,A18,A22,A7,B10,B101,B106,B108,B109,B11,B114,B127,B135,B138,B139,B24,B32,B4,B40,B44,B56,B57,B67,B68,B70,B73,B75,B83,B84,B85,B99,C12,C21,C24,C3,C33,C34,C36,C46,C49,C52,C6,C60,C61,C62,D4
Chr4:7360684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr4:7360704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B28,B5,C2,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057952464.1
ATGTTGGATAAGTATGCACTTAAAGAAAATGATTGGTTGAAGCGTTTGTTTAGTTTGAAGGAAAAATGGGCCTTAGTCTATGGACGACAAATGTTTTGTGCTGACATGACTATCACCCAAAGGAGTGAGAGTGTGAACAGTGTTGTGAAGAGATATGTAAATTACAAGCATAAGTTTCTTGAATTCTTTAAGCACTTTCAGAGGCTTCTTGATGATCGTCGATATGAGGAGATAAAAGTCGATTTTAAAGCAAGTACAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131022924
ATGTTGGATAAGTATGCACTTAAAGAAAATGATTGGTTGAAGCGTTTGTTTAGTTTGAAGGAAAAATGGGCCTTAGTCTATGGACGACAAATGTTTTGTGCTGACATGACTATCACCCAAAGGAGTGAGAGTGTGAACAGTGTTGTGAAGAGATATGTAAATTACAAGCATAAGTTTCTTGAATTCTTTAAGCACTTTCAGAGGCTTCTTGATGATCGTCGATATGAGGAGATAAAAGTCGATTTTAAAGCAAGTACAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057808447.1
MLDKYALKENDWLKRLFSLKEKWALVYGRQMFCADMTITQRSESVNSVVKRYVNYKHKFLEFFKHFQRLLDDRRYEEIKVDFKASTSVPHLIYPVQVLKQAAGIYTPEVYKIFEQEWYKSHDCSVECSDDGGLQVSYKITPYNKSHHHIVAFDSSSGKVFTMKSITNIPGEYILKRWTRKAKVGFTGDSNLNTCNLDPKVLQNVRYKELCGLYVQLVTKASENEYTYIIVKDRILKMFDIVDGRLQSMKSTDNEVHGKEF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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