Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G000676`

染色体: Chr04 坐标: 7728024-7730147 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G000676`
名称	SmilChr04G000676
描述	uncharacterized SmilChr04G000676
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	7728024 - 7730147 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131022931`
GeneID	`131022931`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131022931`
原始查询	`LOC131022931`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os03g0439900` - identity=28.3; qcov=0.388; evalue=8.24e-20; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03732 (PEG10_N-capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131022931

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057808455.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057808455.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057808455.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057808455.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057808455.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:7728053`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B108,B27,B35,C43
`Chr4:7728075`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	15	A2,A6,A8,B106,B125,B18,B7,B74,B90,B91,B92,C28,C80,C87,D5
`Chr4:7728086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr4:7728103`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr4:7728104`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B44,C31,C79
`Chr4:7728106`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:7728115`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B119,B44,C20
`Chr4:7728121`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B105,B74,B89,C76,C86
`Chr4:7728122`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B95,C31
`Chr4:7728299`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr4:7728318`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,B57
`Chr4:7728330`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057808455.1

629 aa

314

629

PEG10_N-capsid

PF03732 PEG10_N-capsid 75-141 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057808455.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	75	141	5.9e-09	36.9	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057952472.1
ATGGCGATGAAAGGTAAAGGGCAACAAAACAACATTGGTGAGGATATGAATCAAAGAGGCAAGAATAAGACGGACATCCCCAGAAAGAGGCGTCTCGCCTATGTTGAATCCCGACCAGAGGCTGAAGAACAGACAGTCAGAGCAGAGGAAGAATGGGCCAGCCCATTCTCAGAGGAGATCCTAGCTGACATTCTGCCTAATCATTATAAGCCGATCAACATGGAGTATGACGGGTCTGAGGACCCAGAGGTGCATATGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131022931
ATGGCGATGAAAGGTAAAGGGCAACAAAACAACATTGGTGAGGATATGAATCAAAGAGGCAAGAATAAGACGGACATCCCCAGAAAGAGGCGTCTCGCCTATGTTGAATCCCGACCAGAGGCTGAAGAACAGACAGTCAGAGCAGAGGAAGAATGGGCCAGCCCATTCTCAGAGGAGATCCTAGCTGACATTCTGCCTAATCATTATAAGCCGATCAACATGGAGTATGACGGGTCTGAGGACCCAGAGGTGCATATGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057808455.1
MAMKGKGQQNNIGEDMNQRGKNKTDIPRKRRLAYVESRPEAEEQTVRAEEEWASPFSEEILADILPNHYKPINMEYDGSEDPEVHMARFETVVMLHQYSEGIKCRIFFTTLTGLAQQWFRTLDLGSIYSFAEFHDLFMCQFASSRRMAKTAISLMEIRQEPGETLKEYASRFTMASLAVPIAEFQIKGYAFVRGLKQCAFFEELQIHPPANFDEIMAKLPGYIQLEETKAGRRAESERNRPKKINTRAEPVEAHTYDRSH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器