当前解析结果
SmilChr01G002041| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002041 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002041 |
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP62-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 36082558 - 36086116 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131022946 |
|---|---|
| GeneID | 131022946 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131022946 |
| 原始查询 | LOC131022946 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP62-like |
| 产物 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP62-like |
| Arabidopsis | AT3G25230 (ROF1)rotamase FKBP 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822117] identity=79.3; qcov=0.962; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0352400 (OsFKBP62b)- identity=73.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity); GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00254 (FKBP_C); PF07719 (TPR_2); PF13181 (TPR_8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131022946 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057808471.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057808471.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057808471.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057808471.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057808471.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:36082767 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B14,C50,C64,C66,C70 |
Chr1:36082864 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B103,B4,B58,C31 |
Chr1:36082864 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B103,B4,B58,C31 |
Chr1:36082871 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B105,B92,D6 |
Chr1:36082873 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 23 | A23,B1,B107,B131,B133,B21,B33,B5,B50,B53,B54,B81,B83,B9,B99,C27,C35,C53,C54,C65,C67,C74,D9 |
Chr1:36082877 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B105,B30,B92,D8 |
Chr1:36082888 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B10,B51 |
Chr1:36082888 |
T |
TC |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B10,B51 |
Chr1:36082940 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B19 |
Chr1:36082940 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B19 |
Chr1:36083084 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B108,B19,B74,C41 |
Chr1:36083096 |
AGC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B134,B41,C15,C50,D5,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057808471.1PF00254
FKBP_C 51-141 aa
PF00254
FKBP_C 167-258 aa
PF00254
FKBP_C 283-380 aa
PF07719
TPR_2 484-516 aa
PF13181
TPR_8 484-516 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057808471.1 |
Pfam | PF00254 |
FKBP_C | Domain | 51 | 141 | 1.1e-83 | 276.4 | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
XP_057808471.1 |
Pfam | PF00254 |
FKBP_C | Domain | 167 | 258 | 1.1e-83 | 276.4 | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
XP_057808471.1 |
Pfam | PF00254 |
FKBP_C | Domain | 283 | 380 | 1.1e-83 | 276.4 | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
XP_057808471.1 |
Pfam | PF07719 |
TPR_2 | Repeat | 484 | 516 | 1.1e-10 | 41.5 | Tetratricopeptide repeat |
XP_057808471.1 |
Pfam | PF13181 |
TPR_8 | Repeat | 484 | 516 | 3.6e-07 | 30.5 | Tetratricopeptide repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。